张帅团，邵俊红，白俊艳，樊红灯，陈梦柯，牛程炜，王龙威，李静云，王新乐，王 亮

（1.汝州市动物卫生监督所，河南 汝州 467500；2.河南科技大学动物科技学院，河南 洛阳 4710233；3.洛阳市瀍河回族区动物卫生监督所，河南 洛阳 471023）

熊猫是我国的国宝，是生物界的“活化石”，但是由于种种原因，熊猫的数量逐渐减少，其中繁殖率低是一个很重要的因素。所以，通过各种方法提高熊猫的繁殖率就显得尤为重要，而熊猫基因组序列图谱的绘制不失为解决这一问题的好办法之一。本研究运用生物信息学方法分析了公共数据库中熊猫EST序列，以期为熊猫基因组学研究提供科学依据。虽然微卫星具有多态性丰富、容易操作和自动化测序程度高等优点，但是微卫星的开发仍然是很难和很昂贵的，所以克服SSR开发费用问题的方法之一是挖掘公共数据库中大量有用序列。近年来随着EST计划在不同物种间的扩展和研究内容的深入，在很多生物中都积累了大量的EST，快速增长的EST数据为SSR标记的开发提供了丰富的来源。从ESTs开发SSR已经有一些报道，如斑马鱼[1]、中国对虾[2]、鲶鱼[3]、火鸡[4]和人[5]等。 本研究是从现有熊猫的EST数据库中筛选包含SSR的序列，分析EST-SSR的分布情况，从而为熊猫的基因组研究奠定基础。

1 材料与方法

1.1 熊猫EST的来源

登陆美国国立生物信息中心 (NCBI)网站，从dbEST数据库下载熊猫的EST(http//www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST)，共 709 条。

1.2 EST的拼接与聚类

利用EST—trimmer可去除“尾巴”和屏蔽载体序列。所以用在线软件Cap3对EST进行拼接和聚类。

1.3 EST-SSRs的预测

用SSRIT在线软件进行SSR预测，预测标准为二至六核苷酸重复次数在4次或4次以上。……