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基于网络药理学和分子对接探讨参麦注射液与急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征相关分子机制*

2021-11-08刁一芮许功灏朱文翔曲思昊张彬彬史渊源

中国中医急症 2021年10期
关键词:数据库

刁一芮 丁 奇 许功灏 章 晨 朱文翔 曲思昊 王 路 张彬彬 史渊源,△

(1.北京中医药大学,北京 100029;2.深圳北京中医药大学研究院,广东 深圳 518118)

急性肺损伤(ALI)/急性呼吸窘迫综合征(ARDS)是一种继发于肺内或全身的炎症反应过程,由肺泡损伤导致并形成炎性非心源性的肺水肿[1-2],并引起急性低氧血症的一种临床综合征。ALI/ARDS最常见于肺炎、败血症、胃内容物误吸或严重外伤,约占全世界重症监护病房患者的 10%[1],死亡率仍高达 30%~40%[3]。现公认诊断标准为2012年柏林定义(Berlin definition),在低氧血症的基础上,急性呼吸窘迫综合征轻度:200<动脉血氧分压与吸入氧气之比(PaO2/FiO2)≤300 mmHg);中度:100

1 材料与方法

1.1 数据库及软件 本文主要应用的数据库包括:PubChem 数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)、ChemBioDraw软件、SwissTargetPrediction平台(http://www.swisstargetprediction.ch/)、GeneCards数据库(https://www.genecards.org/)、String数据库(https://string-db.org/)、Cytoscape 3.7.2软件、DAVID数据库(https://david.ncif⁃crf.gov/)、bioinformatics(http://www.bioinformatics.com.cn/)在线工具以及Autodock vina软件。

1.2 研究方法 1)参麦注射液活性成分筛选以及分子信息收集。通过文献研究对参麦注射液中的主要活性成分进行筛选,进一步通过PubChem数据库、Chem⁃BioDraw软件获得主要化合物的基本信息。2)参麦注射液相关靶点预测。将筛选后的参麦注射液中的活性成分作为研究对象,利用SwissTargetPrediction平台和GeneCards数据库进行靶点蛋白的收集。3)ALI/ARDS相关疾病靶点预测。在GeneCards数据库中输入关键词“Acute lung injury”或“Acute respiratory distress syn⁃drome”进行检索(相关性评分≥40),收集ALI/ARDS相关疾病靶点。4)参麦注射液与ALI/ARDS蛋白相互作用(PPI)网络构建。将参麦注射液治疗ALI/ARDS的潜在靶点基因导入String数据库,选择种属为Homo sapiens,输出结果后下载为TSV格式文件,并导入Cytoscape 3.7.2软件,构建蛋白互作PPI网络,根据参数“betweenness”“closeness”和“degree”中位数进而筛选参麦注射液治疗ALI/ARDS的关键靶点。5)核心靶点的基因功能(GO)分析及KEGG通路富集分析。……

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