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人PDCD5基因的生物信息学及多态性分析

2021-11-08黄艳丽王晓军夏梦薇张颖翟立红肖娟刘佩军

生物化工 2021年5期

黄艳丽,王晓军,夏梦薇,张颖,翟立红,肖娟,刘佩军

(湖北文理学院 医学部,湖北襄阳 441053)

程序性细胞死亡因子5(Programmed Cell Death Factor 5,PDCD5)是程序性细胞死亡蛋白家族成员,原名称为TF-1细胞凋亡相关基因19(TF-1 cell apoptosis related gene 19,TFAR19),2002年 国 际人类基因命名委员会将其统一命名为PDCD5,主要表达于睾丸、肾上腺、结肠等组织。目前研究表明,PDCD5基因与凋亡密切相关,当存在诱导凋亡因素时,PDCD5蛋白的表达增多,并且从细胞浆中转移,向细胞核内积聚,能够显著产生抑制增殖和促进细胞凋亡的作用。梁婷婷等研究发现,PDCD5与存活素在子宫内膜癌中呈现负相关,其可作为一种抑癌因子参与子宫内膜癌的发生[1]。胥丹等研究发现PDCD5和含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(Caspase-3)联合表达可抑制肝癌细胞增殖并促进其凋亡,有望作为治疗肝癌的潜在靶点[2]。刘宏峰等[3]通过对肾细胞癌(RCC)的研究,发现PDCD5通过调控Wnt/β-catenin通路影响肾细胞癌上皮间质转换(EMT转化),负调控RCC病人的侵袭与转移进程。以上研究表明,PDCD5能够促进多种肿瘤细胞凋亡,是一个潜在的新抑癌基因,但其作用机制仍不明确,尚待深入分子层面研究其功能及机制。

如今,在生物大数据背景下,可以利用生物信息学手段对基因进行预测和分析,更加全面的了解一个基因。本文对PDCD5进行生物信息学和多态性进行分析,旨在更全面地认识PDCD5基因。

1 材料与方法

1.1 材料

人PDCD5基因的核酸序列、氨基酸序列以及基因的外显子序列等基本信息从NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中获取,且以此为生物信息学分析的数据;随机抽取湖北省内128例健康人群为研究对象并取得知情同意,清晨收集口腔唾液,-20 ℃保存。……

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