吴雨辰， 胡燕燕， 张 嵘

细菌分型是区分菌株并研究其相关性的手段，是疫情调查、监测和系统发育研究的重要工具。早期的分型技术基于被测细菌的表型，如抗生素敏感性（耐药谱分型）、对噬菌体的敏感性（噬菌体分型）和表面抗原（血清分型）等进行区分。随着分子生物学的进步，基于DNA的分型方法得到了普及。相比于检测表型，DNA的稳定性使得测定结果具有高度的可重复性。后期质谱与振动光谱的发展使得检测更为快速和简便。本文将对常用细菌分型技术原理、应用以及优缺点进行简要阐述。

1 分子生物学技术

1.1 脉冲场凝胶电泳（PFGE）

PFGE技术主要原理是用适当的核酸内切酶对细菌的基因组序列进行消化[1]，产生若干限制性片段，在脉冲电场中将大小片段分离，并进行应用分析。因其重复性好、分辨率高、结果稳定且易于标准化，被认为是细菌分型的“金标准”[2]。在耐万古霉素肠球菌暴发的流行病学调查中，PFGE相比于单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）分析和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法（matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS）分析有着更高的分辨率[3]。在测定布鲁菌分离株的遗传相似性方面也比PCR-限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP）法更优[4]。目前PFGE已广泛应用于流行病学、微生物学和进化生物学的研究，同时促进了细菌分型的PFGE协议标准化。CDC已发布统一的PFGE协议（https://www.cdc.gov/hai/pdfs/labsettings/unified_pfge_protocol.pdf），用于对革兰阳性细菌进行分型。国际食源性疾病监测网络PulseNet International在其网站（http://www.pulsenetinternational.org/protocols/）上发布了重要食源性病原体的PFGE协议，并在CDC PulseNet网站上发布了更新版本（https://www.cdc.gov/pulsenet/pathogens/pfge.html）[5]。 不 过 PFGE实验周期长，操作要求高，并且缺乏对几乎相同大小条带的分辨能力[6]。……