基于分子对接技术探讨丹参酮Ⅱ A治疗糖尿病神经病变的结合作用机制
2021-09-26李浩月钟达源邓奕辉
李浩月 钟达源 邓奕辉
湖南中医药大学临床医学院,湖南长沙 410208
2 型糖尿病是一种常见疾病,有研究预测2025 年全世界将有3.8 亿糖尿病患者[1],其中15%[2]合并有糖尿病神经病变,多出现慢性疼痛[3]。目前用于糖尿病神经病变治疗的药物有多种,但临床疗效欠佳[4],故寻找新的糖尿病神经病变的治疗方法是关键。糖尿病神经病变归属于中医的“消渴”“血痹”等范畴。段力等[5]研究发现,2 型糖尿病周围神经病变是本虚标实,其中标实以血瘀为主。研究[6]表明,丹参酮Ⅱ A 与胰岛素联用能有效抑制周围神经细胞凋亡,升高线粒体膜电位,抑制Bax 和Cytochrome C 转位,还能抑制IκB 蛋白磷酸化和核因子-κB 活化,从而抑制促炎性细胞因子的表达[7],可见丹参酮Ⅱ A 有活血化瘀的功效。目前丹参酮Ⅱ A 治疗糖尿病神经病变起效的具体机制尚未清晰,因此本文通过网络药理学研究方法进行预测,为其后续的机制研究提供思路。
1 资料与方法
1.1 数据库来源及软件
PubChem 数据库[8]、PharmMapper 数据库[9]、CTD数据库[10]、Cytoscape 3.6.1 软件、OpenBabel-2.4.1 软件、chimera1.14 软件、IGEMDOCK 软件、Pymol 软件、DAVID 数据库[11]、STRING 数据库[12]、PDB 数据库[13]。
1.2 丹参酮Ⅱ A 靶点的收集及处理
通过PubChem 数据库查找丹参酮Ⅱ A 的结构并将其导入PharmMapper 数据库以预测其作用靶点;将靶点名注释后通过STRING 数据库构建蛋白互作网络;通过CTD 数据库检索糖尿病神经病变疾病靶点,将蛋白互作网络中的靶点与疾病靶点相交取共同子集,即得到丹参酮Ⅱ A 治疗糖尿病神经病变的靶点。
1.3 丹参酮Ⅱ A 与疾病靶点的分子对接
通过PDB 数据库下载靶点蛋白的pdb 结构文件并通过chimera1.14 软……
