基于IDH 突变相关代谢基因的胶质瘤分型探讨
2021-09-26吴陈兴宋洪旺付晓君李守巍
吴陈兴 宋洪旺 付晓君 李守巍
1.首都医科大学三博脑科医院神经外科,北京 100093;2.中国医科大学附属盛京医院急诊科,辽宁沈阳 110004
胶质瘤是中枢神经系统最常见的原发性肿瘤,发病率为22.52/106[1]。70%~80%的较低级别胶质瘤发生异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase,IDH)突变,且是肿瘤发生的驱动基因[2-3]。2016 年世界卫生组织(world health organization,WHO)中枢神经系统肿瘤分类首次引入IDH 突变作为胶质瘤的重要分类指标,并明确IDH 突变型(IDH mutant type,IDH-mut)和IDH野生型(IDH wild type,IDH-wt)胶质瘤是两种具有不同生物特征的亚型[4],IDH-mut 胶质瘤具有更好的预后[5]。IDH 突变的发现引起了对癌症代谢的广泛关注。
目前IDH-wt 胶质瘤预后差,缺乏有效治疗手段。本文通过差异代谢基因聚类将IDH-wt 胶质瘤分成三种代谢亚型(C1、C2 和C3 型)。C1 型预后与IDH 突变型相似;C2、C3 型预后差。进一步利用随机森林法筛选C1 型前5 个最显著特征基因,简化C1 型诊断模型以增加临床应用的可行性。用此分型精确判断不同IDH-wt胶质瘤预后,指导脑胶质瘤患者的个体化治疗。
1 资料与方法
1.1 数据采集
本研究使用2015 年1 月至2020 年1 月来自中国脑胶质瘤基因组图谱计划(Chinese glioma genome atlas,CGGA)(http://www.cgga.org.cn)数据库中294 例患者临床资料及组织信使RNA(messenger RNA,mRNA)芯片(RNA-array)数据,包含IDH 状态(IDH-mut/wt)及年龄、性别、组织学分级及生存预后情况等[6]。纳入标准:①发病年龄≥18 岁;②病理诊断为大脑半球弥漫性胶质瘤且符合2016 WHO 分类指南[4]。排除标准:①局限性胶质瘤;②弥漫中线胶质瘤;③小脑或脊髓胶质瘤。研究经首都医科大学三博脑科医院医学伦理审查委员会批准,并符合赫尔辛基宣言[7]的原则。
1.2 分析方法
加权相关网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)旨在寻找共同表达的基因模块,并探索基因网络和感兴趣表型之间的联系,在共同表达网络中,节点与基因相对应,连接强度由表达谱之间的成对相关性决定。……
