张静，张涛，卢昱希，任荣清，黄波，周思旋，王婧，赵春萍，史开志，张雄*

(1.贵州省农业科学院畜牧兽医研究所/畜禽重大疫病监测防治重点实验室，贵州 贵阳 550002；2.贵州省农业科学院畜牧兽医研究所/兽用中草药研究室，贵州 贵阳 550002)

牛鼻咽部是连接外部环境与机体内环境的重要部位，也是牛呼吸系统疾病(bovine respiratory disease, BRD)致病微生物入侵机体的切入点。据调查，我国养牛业中65%的疾病为BRD，其中肉牛场的感染率达90%以上，死亡率达35%[1]。而这些被诊断患有BRD的牛主要以抗生素治疗为主，大量抗生素的使用产生耐药菌株，最终导致无药可治。因此，系统性地了解患BRD牛鼻咽部微生物群落特征及致病性病原体有助于定向治疗呼吸系统疾病，减少抗菌药物滥用。然而，牛鼻咽部是一个半开放的环境，过境微生物种类繁多，且存在许多不可离体培养的条件性致病微生物，利用传统的培养技术和常规PCR检测来探索牛上呼吸道微生物多样性、分析其功能具有一定局限性；细菌16S rRNA、真菌18S rRNA和真菌核糖体基因转录间隔区(internal transcribed spacer，ITS)测序技术的发展使基于培养方法难以或不可能检测到的微生物物种的鉴定和定量成为可能[2-4]。

近年来，国内外利用微生物扩增子测序对牛消化系统微生物组成和性质，以及微生物群落结构的变化如何影响宿主的健康进行了广泛研究[2，5]。与消化系统微生物群在胃肠道中的作用相似，呼吸道微生物群也是影响呼吸系统健康的重要因素[6]。健康的牛呼吸道菌群处于动……