基于多重生物信息学分析对膀胱癌关键基因及其调控网络的研究①
2021-08-23卢俅陈兵海江苏大学附属医院镇江212000
卢俅 陈兵海(江苏大学附属医院,镇江212000)
膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一,2018年全世界约有55万新发病例,占所有恶性肿瘤的3.0%,发病率居恶性肿瘤第十位,全世界每年约有20万人死于膀胱癌[1]。在我国,膀胱癌发病率位于全身恶性肿瘤的第十二位,每年约有8万新诊断膀胱癌患者,约占全部恶性肿瘤的1.87%,死亡率位于恶性肿瘤的第十二位,约占所有恶性肿瘤死亡率的1.1%[2]。膀胱癌主要起源于上皮组织,约75%的膀胱癌属于非肌层浸润性膀胱癌,同时具有较高的复发率,患者预后较差[3-4]。目前膀胱癌的诊断主要依靠膀胱镜检查,膀胱镜检查虽然存在诊断阳性率较高的优势,但仍然有着巨大局限,如属于有创检查,存在一定的手术禁忌证等[5]。因此,目前迫切需要找到膀胱癌的新型分子标志物,用于膀胱癌的诊断及预后判断。基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)是目前世界上最大的两个癌症基因信息数据库,近年来,已有众多学者通过生物信息学的方法对这两个数据库展开研究[6-7]。本研究立足于GEO和TCGA两大数据库,筛选差异交集基因集,利用多重生物信息学分析工具,发现CDC20、TPM1、ACTA2、MYH11、MYLK以及CALD1可能是膀胱癌关键的核心基因及治疗靶点。
1 材料与方法
1.1 膀胱癌差异基因筛选从GEO数据库(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)下载2个基因芯片数据,分别为GSE13507和GSE7476。其中GSE13507的基因平台是GPL6102 Illumina human-6 v2.0 expression beadchip,它包括188个膀胱癌组织和68个正常膀胱组织,GSE7476的基因平台是GPL570 Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array,它包括9个癌组织和3个正常组织。为了进一步利用不同数据库进行验证,又从TCGA数据库(https://tcga.xena‑hubs.net/)下载膀胱癌的RNA-seq数据及相应临床随访数据。……
