生物信息学分析筛选结直肠癌靶基因及评估预后的价值
2021-08-18江秀玲胡有根汤元杰
江秀玲,胡有根,汤元杰*
(1.扬州市职业大学医学院,江苏 扬州 225003;2.武警江苏总队医院,江苏 扬州 225003)
0 引言
结直肠癌(CRC)是第三大常见癌症类型[1]。由于结肠癌高侵袭和高转移特性,CRC已成为癌症导致的死亡的主要类型之一[2]。尽管当前CRC的治疗方法和手段不断提升,但CRC患者的存活率依然很低[3]。因此,深入了解CRC分子和遗传网络,探索识别新的生物分子标志物极其重要。
长链非编码RNA(lncRNAs)是长度大于200个核苷酸的RNA,在细胞增殖、调亡、细胞周期阻滞、细胞迁移和侵袭等多种生物学过程中发挥重要调节作用[3]。近年来,在CRC中,已发现数百种表达异常的lncRNAs,其中有发挥增强子功能的,能够调控相邻的编码基因的表达,制约疾病的发生[4-8]。MicroRNA是长约22nt的短链RNA,能够通过抑制目的基因的翻译或降解,从而调节目的基因的表达。然而在实际调控过程中不仅仅是简单的microRNA-mRNA的沉默机制,还有更为复杂的调控网络。一些非编码的RNA同样存在于microRNA的结合位点,在细胞中起到miRNA海绵(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平,也因此构建了庞大的ceRNA网络(ceRNETs),这一作用机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制[9-11]。
在本研究中,我们研究首次通过构建结直肠癌差异表达基因的ceRNA网络,挑选出与结直肠癌密切相关的关键ceRNA基因,其次通过分析WGCNA网络的关键基因并将关键基因与上述ceRNA网络中的关键miRNA做交集分析,将挑选出的miRNA通过生存分析分析筛选出与生存密切相关的miRNA并通过数据库验证其实际意义。相关研究可以作为治疗结直肠癌的新型靶向药物以及新型结直肠癌标志物。……
