基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析
2021-08-02陈双双齐香玉冯景王华娣邓衍明
陈双双 齐香玉 冯景 王华娣 邓衍明



摘要:绣球花序饱满、花型多样、花色丰富,是重要的观赏植物。很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时,花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色,使其更受消费者喜爱。但绣球基因组信息缺乏,基因资源开发和分子机制研究相对滞后。利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种“Bailer”(商品名:Endless SummerTM,中文名译为无尽夏)的基因组大小。流式细胞术分析结果表明,以豌豆(Pisum sativum L.)为对照的流式细胞术估测“Bailer”基因组大小为2.17 pg(约2.12 Gb);Illumina HiSeq PE測序产生212.41 Gb的有效数据,K-mer 分析结果显示,修正后的基因组大小为1.96 Gb;根据K-mer分析,该基因组具有明显的杂合峰,杂合度和重复率分别为1.97%、72.80%。此外,经组装,该基因Contigs总数为7 418 139(N50为249 bp),总读长为1.49 Gb,Scaffolds 总数为7 071 975(N50为289 bp),总读长为1.52 Gb,GC含量为38.75%。综上所述,推测绣球“Bailer”基因组大小约为1.96~2.12 Gb,属杂合度较高的复杂基因组。结果可为绣球全基因组测序及相关研究提供了理论依据。
关键词:绣球;基因组大小;流式细胞术;K-mer分析;Survey技术
中图分类号:S685.990.1 文献标志码: A
文章编号:1002-1302(2021)12-0039-06
收稿日期:2020-10-10
基金项目:国家自然科学基金(编号:31901359);江苏省农业科学院探索性颠覆性创新计划[编号:ZX(17)2004];江苏省昆山市科技项目(编号:KN1809)。
作者简介:陈双双(1986—),女,河南安阳人,博士,助理研究员,主要从事观赏植物遗传育种与分子生物学研究。E-mail:chenshuang7876@sina.com。
通信作者:邓衍明,博士,研究员,主要从事花卉遗传育种与分子生物学研究。E-mail:nksdym@163.com。
绣球(Hydrangea macrophylla)别称八仙花,属于虎耳草科绣球属,因其花序色彩艳丽、开花期长、适应性广和抗逆性强而被广泛种植[1]。……
