陈智伟 姚栩 谢乃鸿 陈艳 张晓阳

摘要：目的 全基因组测序用于福州地区2019新冠病毒（nCov-2019）病原的基因组进化分析。方法 构建捕获法-病毒全基因组测序方法，利用Tn5酶能够设别切割双链DNA并挂上特定标签的特性构建SARS-cov2的测序文库，使用MiSeq进行测序。结果 我们对5例CT值低于35的新冠核酸阳性标本进行建库，获得3株（FZ20LG957、FZ20LG1462和FZ20LG398）覆盖率大于95%的病毒株序列。讨论 课题数据可用于提高新型冠状病毒监测网络的监测能力。

【中图分类号】R563.1 【文献标识码】A 【文章编号】1673-9026（2021）07-409-01

介绍

2019年12月，中国湖北省武汉市出现了一种新型冠状病毒[1]被指定为严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2），该疾病被称为冠状病毒病2019（COVID-19）。世界卫生组织宣布该疾病为国际关注的突发公共卫生事件[2]，该项研究中，我们进行全基因组测序，并应用于SARS-CoV-2的临床标本。

方法

标本采集

标本的收集与前处理：收集福州地区新型冠状病毒qPCR阳性的标本5份，进行RNA提取并采用Random引物进行反转录（去人基因组gRNA的试剂）。

构建捕获法-病毒全基因组测序方法

利用多重扩增方案快速扩增新冠病毒的全基因组序列，利用Tn5酶能够设别切割双链DNA并挂上特定标签的特性构建SARS-cov2的测序文库，使用MiSeq进行测序，并对下机数据通过生物信息学方法进行分析获得福州地区SARS-cov2的全基因组序列。将福州地区的序列信息与各地公开数据比对探索福州地区新冠肺炎病人的来源。

系统发育和序列分析

结果：

我们采集的5份新冠核酸阳性标本，进行测序建库，其中覆盖率高于95%的病毒有三株分别是FZ20LG957、FZ20LG1462和FZ20LG398。……