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西藏大花红景天EST-SSR开发及通用性分析

2021-07-26张力鹏滕彦娇王宏鹏李天宇宋文芹陈成彬

江苏农业科学 2021年11期

张力鹏 滕彦娇 王宏鹏 李天宇 宋文芹 陈成彬

摘要:以西藏大花红景天为研究对象,用MISA软件筛选转录组测序获得的48 790条unigene,开发EST-SSR(表达序列标签-微卫星序列)并对其通用性进行分析,以期为红景天属物种的遗传多样性研究和分子标记辅助育种奠定基础。结果表明,共检测出10 761个SSR位点,分布于8 973条unigene中,分布频率为22.06%,平均分布距离为4.725 kb。优势重复基序以单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸为主,其中单核苷酸重复单元以基序A/T为主,共7 167个,二核苷酸重复单元以AG/CT为主,共1 008个。随机合成280对引物,其中248对表现出有效扩增,54对具有多态性。此外,SSR引物在长鞭红景天、狭叶红景天、菊叶红景天、圣地红景天、柴胡红景天、高山红景天中具有较高的通用性,扩增效率分别为75.0%、73.75%、72.5%、62.5%、70.0%、72.5%。

关键词:大花红景天;转录组;SSR;通用性分析

中图分类号: S567.23+9.01  文献标志码: A

文章编号:1002-1302(2021)11-0040-08

收稿日期:2020-08-29

作者简介:张力鹏(1989—),男,河北沧州人,博士,助理研究员,主要从事中药材种质资源品种改良研究。E-mail:nknanhai@163.com。

通信作者:陈成彬,博士,副教授,主要从事中药材种质资源与品种改良研究。E-mail:chencb@nankai.edu.cn。

红景天是双子叶蔷薇目(Rosales)景天科(Crassulaceae)红景天属(Rhodiola L.)植物,因其根或根茎的浸出液为红色而得名[1]。全世界红景天属植物共有90多种,其中我国占有主要的种质资源有70多种,主要分布在海拔(3 500~5 000 m)较高的山区,包括青藏高原及其毗邻带、横断山脉、天山山脉等[2-4]。其中以西藏占有的种类最多,为32种;四川次之,为22种;新疆为14种。红景天常被称作“高原人参”或“雪山仙草”应用于传统中医和藏医种,已经有数千年的历史。……

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