张永红，蒋启华，李 艳

（1.重庆医科大学药学院，重庆 400016：2.重庆医科大学中医药学院，重庆 400016）

中药有效成分及天然药物分子的化学结构与药效或生理活性之间的关系，是天然药物研究的主要内容之一。分子层面上，化学结构决定性质；无论是天然药物小分子或是中药有效成分小分子，它们的分子大小、外形、化学反应性、官能团分布和立体构型等都需要与与机体细胞上的靶受体相结合而发挥药效。酶作为一种维持生命活动的重要催化剂，其功能和许多疾病的发生发展相关，因此也通常是非常重要的药物研发的有效作用靶点。新冠疫情出现后，大量相关蛋白酶抑制剂药物研究提上日程，如，与病毒复制转染相关的3CL水解酶（3CLpro）、木瓜样蛋白酶（PLpro）、以及和触突蛋白结合的血管紧张素转化酶（ACE2）等。一直以来，分子对接方法对药物小分子和靶蛋白的作用机制进行研究是计算机辅助药物设计（Computer Aided Drug Design，CADD）课程教学的重点内容之一［1］。深入探讨药物作用机制，有助研究生学习掌握药物分子结构特征，理解受体配体互作关系，提升学习兴趣。传统教学手段难以形象展示药物和靶蛋白的详细结构和具体作用机制，而以往的开源软件DOCK和AUTODOCK等操作复杂，需要学生掌握大量计算机基础知识，都不利于学生认识和掌握相关知识。

随着计算机计算功能增强，计算软件普及，计算机辅助药物分析已经成为药学研究的重要手段之一。计算机辅助药物分析中，分子对接最常用于研究小分子与大分子相互作用模式，尤其是天然药物分子与受体蛋白的作用，分子对接能很好地直观展现，作为CADD课程中主要内容之一，分子对接知识点的学习是一个重点。……