基于高通量测序方法的蒙古栎SSR标记开发
2021-07-12于世河姜义仁卜鹏图
中国农学通报 2021年16期
陈 罡,于世河,姜义仁,卜鹏图,郑 颖,冯 健
(1辽宁省林业科学研究院,沈阳 110032;2沈阳农业大学生物科学技术学院,沈阳 110866)
0 引言
蒙古栎(Quercus mongolica)为壳斗科栎属植物,主要分布于中国的华北、东北,朝鲜半岛,俄罗斯远东和蒙古等地。蒙古栎是国内东北和华北地区针阔叶混交林的主要建群种,在维持地域生态平衡和生态系统恢复重建中有重要的作用,因此具有重要的生态价值和经济价值[1]。有关蒙古栎种内遗传变异的研究相对较少[2],为育种、造林和基因资源保存,有必要对现有的蒙古栎天然林、天然次生林进行分子水平的遗传多样性研究[3]。
SSR标记是一种比较理想的共显性分子标记,具有基因组中广泛存在、特异性强、多态性高、实验重复性好、结果稳定可靠等优点,被广泛应用于林木遗传改良、遗传图谱构建、分子标记辅助育种、遗传多样性研究、亲缘关系分析、种质资源保存、QTL作图等许多应用研究领域[4]。目前,对部分地区的蒙古栎群体遗传多样性研究大都利用RAPD标记、等位酶技术、AFLP技术及ISSR标记等显性分子标记技术[5-8],可供利用的专门针对蒙古栎开发的SSR标记较少[9-11],因此需要更多的SSR标记的开发进行补充,以增加位点数[12]。目前尚未见到利用二代基因组测序技术开发蒙古栎SSR位点的报道。本研究基于中国分布蒙古栎基因组de novo拼接的二代测序数据,旨在发掘一批扩增效率高、多态性好的引物,为进一步开展蒙古栎遗传资源评价、种质资源多样性分析提供参考。
1 材料与方法
1.1 试验材料
2018年6月下旬采集辽宁8个不同地区的蒙古栎叶片,硅胶干燥保存备用。……
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