APP下载

薄壳山核桃全基因组LBD基因家族的生物信息学分析

2021-07-12黄元城郭文磊王正加

浙江农林大学学报 2021年3期
关键词:结构

黄元城,郭文磊,王正加

(浙江农林大学 亚热带森林培育国家重点实验室,浙江 杭州 311300)

LBD转录因子是一类在其蛋白质N端具有侧生器官边界(LOB)蛋白质结构域的植物特有转录因子[1]。SHUAI等[2]首次发现了LBD基因,发现它在植物侧生器官的边界细胞中表达并且参与侧生器官的发育形成。根据侧生器官边界(LOB)域的结构,拟南芥Arabidopsisthaliana中的LBD转录因子家族通常可被分为2类。类1(Group 1)具有1个完整的高度保守的CX2CX6CX3C锌指结构,通常能够结合特定DNA序列。同时类1的LBD基因具有高度保守的甘氨酸GAS结构和亮氨酸拉链(zipper-like)结构(LX6LX3LX6L),它们之间会形成卷曲-螺旋结构的蛋白质并相互作用。而类2(Group 2)只含有1个保守的CX2CX6CX3C锌指结构[1−4]。大多数的LBD转录因子基因从属于类1。类2的LBD蛋白质往往保存有1个可能不具有功能的残缺的亮氨酸拉链结构,它会形成1个盘绕-线圈结构[4]。最近,CHEN等[5]通过研究小麦TriticumaestivumLBD蛋白质中LOB结构域的蛋白质结晶学,揭示了之前提到的CX2CX6CX3C锌指结构实际是C4型锌指结构。C4锌指结构常常与GAS结构以及α4和α5之间的垂直构象共同作用,从而精确识别DNA,并能对结合位点的空间构型进行定位。最初的一些LBD基因功能研究表明:LBD基因通常在侧生器官底部的边界新生细胞中表达,在器官分化和侧生器官发育中具有潜在功能[1]。同时,LBD基因还能够参与植物花青素、氮元素代谢和器官再生等关键过程[6]。类1的LBD基因大多数参与植物发育过程[4,7]和由生长素信号转导级联反应介导的侧根形成过程。相反,类2基因往往作为花青素合成的阻遏物和有效性信号参与了新陈代谢过程[8]。……

登录APP查看全文

猜你喜欢

结构
DNA结构的发现
《形而上学》△卷的结构和位置
论结构
新型平衡块结构的应用
论《日出》的结构
纵向结构
纵向结构
我国社会结构的重建
创新治理结构促进中小企业持续成长
半夹心结构含1,2-二硒碳硼烷的多核Co配合物的合成及结构表征