大白猪和长白猪新复等位基因及其多态性与结合肽谱分析
2021-07-07李奇润魏孝辉
李奇润 , 魏孝辉 , 夏 春
(中国农业大学动物医学院 , 北京 海淀 100193)
猪经典主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC) I 类分子略写为SLA-I,包含SLA-1,SLA-2和SLA-3三个基因座[1]。迄今为止,主要组织相容性复合体数据库(IPD ; https://www.ebi.ac.uk/ipd/mhc/)共登录了SLAI/II等位基因450条[2]。猪 SLA-I分子主要与β2m和抗原多肽形成三分子复合物(pSLA-I)递呈抗原,诱发特异性细胞毒性T细胞(Cytotoxic T lymphocyte, CTL)免疫应答[3]。由于SLA-I α1和α2区的高变性导致了其复等位基因的多态性,使不同的等位基因能够产生针对特定抗原肽不同锚定残基的抗原肽结合槽[4]。
抗原递呈细胞(Antigen presenting cell, APC)递呈CTL表位是引发CTL免疫应答最关键的环节[5]。目前对猪CTL表位的研究大多集中在预测、体外能否形成pSLA-I复合体以及四聚体技术鉴定这3个层面[6-8]。常用的与猪SLA-I结合的网站有Net-MHC4.0、NetMHCpan、NetMHCstabpan等[9]。然而,由于猪等位基因的多态性,使用软件预测的结果具有明显的瑕疵[10-11]。质谱测定pMHC-I结合多肽的方法相对而言数据真实,降低了偏差[12],再联合质谱从头测序技术(MS de novo sequencing)用于MHC-I分子的体外结合抗原肽谱及基序的鉴定,由于其结果准确已被认可为测定pMHC-I CTL候补表位的方法之一[12-13]。
猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS),又称猪蓝耳病,由猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)引起 ; PRRSV抑制细胞免疫,造成细胞免疫反应延迟并减弱[14]。目前主要通过接种疫苗诱导体液免疫应答的方式控制PRRS[15],有关PRRSV CTL候补表位与细胞性免疫应答的研究极少[16]。本文对法系大白猪和长白猪SLA-I基因进行了测序及多肽性分析; 对其代表性的pSLA-I结合随机9肽谱进行鉴定与分析; 从中筛选出部分与PRRSV相关的CTL候补表位。
1 材料与方法
1.1 试验材料 本试验所使用的实验猪为法系大白猪和长白猪。……
