1株产GES-1型碳青霉烯酶铜绿假单胞菌的全基因组测序分析*
2021-07-02郭庆昕蔡加昌周宏伟张嵘蒋华蔚胡燕燕泉州市正骨医院检验科福建泉州362000浙江大学医学院附属第二医院检验科血液科杭州30009
郭庆昕,蔡加昌,周宏伟,张嵘,蒋华蔚,胡燕燕(.泉州市正骨医院检验科,福建泉州362000;2.浙江大学医学院附属第二医院 a.检验科,b.血液科,杭州30009)
铜绿假单胞菌是重要的医院感染菌之一,可引起重症肺炎、败血症、烧伤伤口感染等。产碳青霉烯酶铜绿假单胞菌(carbapenem resistantPseudomonasaeruginosa, CRPA)可水解几乎所有可用的β-内酰胺类抗菌药物,对全球公众健康构成了严重威胁[1]。β-内酰胺酶可分A、B和D三大类,A类包括KPC、BEL、CTX-M、GES家族的成员,B类包括NDM、IMP家族和VIM家族,D类主要是OXA家族。GES类型的β-内酰胺酶在20世纪后期被发现,因其含有丝氨酸碳β-内酰胺酶的结构特征(即Cys69和Cys239之间的二硫键),故与KPC型一起被分在A类中[2]。blaGES基因容易发生突变,目前已鉴定出40个亚型[3],GES酶水解谱也不断扩大,从原先的超广谱β-内酰胺酶逐渐进化为碳青霉烯酶[4]。为充分阐明耐药菌的传播动态,本研究对1株产GES-1型碳青霉烯酶铜绿假单胞菌进行全基因测序分析,采用生物信息技术分析本菌的多位点序列分型(multisite sequencing typing, MLST)、毒力基因和耐药基因,并分析blaGES-1基因所处的周围环境。
1 材料与方法
1.1研究对象 研究菌株来自浙江大学医学院附属第二医院重症医学科1例重症肺炎患者,该患者住院期间多次发热,曾先后使用哌拉西林钠/他唑巴坦钠、比阿培南、左氧氟沙星等抗感染治疗。该菌株于患者入ICU 13个月后从合格痰标本中分离,经基质辅助激光解吸/电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱及微量肉汤稀释法确定为CRPA,此后7个月中反复从痰标本中检出。应用哌拉西林/他唑巴坦、比阿培南等抗菌药物治疗,但患者肺炎持续加重,呼吸功能衰竭,最终死亡。……
