王曦

摘  要：试验旨在探究肠炎沙门氏菌攻毒对SPF雏鸡粪便微生物区系的影响。选择1日龄SPF雏鸡24只，随机分为2组，每组12只。在4日龄处理组口服107 CFU肠炎沙门氏菌（ATCC13076）攻毒，对照组口服等量PBS溶液。试验期22 d。结果显示：①处理组SPF鸡的存活率为75%，对照组全部存活，期间两组鸡的体重无显著性差异;②OTU水平上，相同日龄两组鸡粪便菌群的丰富度相近，中期处理组粪便菌群多样性更高（P<0.05），后期对照组菌群稳定性更高，而且攻毒对SPF鸡粪便菌群的影响随日龄增加而减弱;③在属水平上，与对照组相比，处理组Bacteroides（拟杆菌门）、Enterococcus（肠球菌属）和Aeriscardovia（卡多维亚氏菌属）的相对丰度明显升高（P<0.05）;Lactobacillus（乳杆菌属）、Alistipes（另枝菌属）、Faecalibacterium（粪杆菌属）、Romboutsia（罗姆布茨菌属）和Ruminococcaceae_UCG_005（瘤胃球菌UCG_005）的相对丰度明显降低（P<0.05）;④KEGG分析显示攻毒影响了菌群参与的多个代谢通路。综上，肠炎沙门氏菌感染影响了SPF雏鸡粪便菌群的结构组成、稳定性及菌群参与的代谢通路。Bacteroides（拟杆菌门）、Lactobacillus（乳杆菌属）等差异菌属可能对SPF雏鸡抵抗沙门氏菌入侵起到积极作用。

关键词：肠炎沙门氏菌;SPF雏鸡;16S rRNA测序;粪便菌群;KEGG代谢通路

动物肠道中含有极其复杂的共生微生物群组分，其抵抗病原菌入侵产生的定殖抗性对宿主的健康起到保护作用[1]。肠道微生物的组成会随着时间的推移而发展[2]，也会随着病原菌入侵而发生变化[3]。肠炎沙门氏菌是一种常见人畜共患病的肠道病原体，引起宿主肠道炎症反应，临床表现一般为腹泻。在腹泻症状消失后，肠炎沙门氏菌可以在宿主体内隐性携带，并伴随着长期的间歇性排菌[4]。在刚孵化的SPF鸡肠道菌群单一的窗口期引入肠炎沙门氏菌，使其更容易引起肠道菌群结构的变化[5]。而我们感兴趣的是早期肠炎沙门氏菌感染对SPF雏鸡粪便菌群结构产生怎样的影响。本研究利用16S rRNA基因高通量测序技术来探究肠炎沙门氏菌攻毒对SPF雏鸡粪便菌群的影响，并结合日龄来研究粪便菌群的相关性变化。

1  材料和方法

1.1  试验设计与试验动物  试验选取山东省农业科学院家禽研究所SPF鸡胚场孵化的1日龄SPF雏鸡24只，随机分成两组，每组12只，其中处理组在4日龄时口服0.2 mL（约107CFU）的肠炎沙门氏菌（ATCC13076），对照组口服等量无菌PBS溶液，分别在隔离器内隔离饲养，正常饲喂雏鸡饲料和饮水。……