(1.南华大学公共卫生学院，湖南省衡阳市421001；2.中国疾病预防控制中心传染病预防控制所国家重点实验室，北京市102206；3.石河子大学动物科技学院，新疆维吾尔自治区石河子市832003；4.新疆生产建设兵团第八师石河子市动物卫生监督所，新疆维吾尔自治区石河子市832000)

在全球范围内，对人类和动物宿主的健康具有潜在影响的病原体被频繁地检测到[1]。大多数导致人类疾病的新发的病原体都是人兽共患病原菌，人兽共患病可以从野生或者家养动物传染给人类，对公共卫生和人类健康造成了重大威胁[2-4]。新疆是中国最大畜牧业生产基地之一，与8个国家接壤，国际性贸易频繁[5]。近些年畜牧业不断地发展，致病菌在人群中传播速度加快，从而动物源人兽共患病的流行风险也随之明显增加。牛作为新疆地区畜牧业的主要动物之一，与人们的生活生产密切相关，是人们重要的蛋白质来源[6]。因此，了解规模化养殖牛的潜在病原菌携带状况调查很有必要，对有效防治人兽共患病具有重要意义。在牧场的生产实践中，传统细菌病原的检测耗时长，检测量有限，难以满足需求[7]。宏基因组是特定生物环境中全部微生物遗传物质的总和[8]。宏基因组学二代测序技术直接获取样本中所有核酸片段的序列信息，与特定的数据库比对结合生物信息分析，检测出所有微生物的种类及序列数量[9]，目前已成为国际微生物学研究的热点，成为开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性的新途径,而且宏基因组学技术自动化程度高，可以准确灵敏地鉴定病原微生物[10]。……