刘航，侯黎明，王彬彬，刘晨曦，陶伟，张总平，牛培培，李强，李平华,4,5*，黄瑞华,4*

(1. 南京农业大学养猪研究所，江苏 南京 210095；2. 南京农业大学淮安研究院，江苏 淮安 225001；3. 淮安市淮阴新淮种猪场，江苏 淮安 223322；4. 江苏现代农业(生猪)产业体系集成创新中心，江苏 南京 210095；5. 淮安沐林新农村发展研究有限公司，江苏 淮安 225001)

从传统的表型选育，到最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction, BLUP)，再到标记辅助选择(marker assisted selection, MAS)，育种技术得到了快速的发展，极大地促进了生猪品种的遗传改良[1-2]。随着Meuwiseen等[3]提出基因组选择(genomic selection, GS)，遗传育种技术得到进一步的发展。基因组选择将基因组信息考虑进估计育种值(estimated breeding values, EBVs)的BLUP方法中，即基因组最佳线性无偏预测(genomic best linear unbiased prediction, GBLUP)[4]。目前许多育种跨国企业如种猪改良公司(pig improvement company, PIC)、丹育、海波尔育种有限公司(Hypor)等已将GS应用于猪的育种中，国内以温氏为代表的大型育种公司也纷纷开启猪GS育种工作[5]。近年来肉质性状开始被各大育种公司纳入育种目标。肉色性状是肉质性状中最影响消费者购买欲的指标。肉色性状作为微效多基因控制的数量性状，其遗传力属于中或低等，且表型测定需要通过屠宰才准确，因此基于系谱和常规选择方法遗传参数预测的准确性仍达不到理想程度，需要采用基因组选择方法进行遗传参数估计和高效育种[6]。

决定数量性状的多基因效应分为加性效应、显性效应和上位效应，其中加性效应值为估计育种值，反映了目标动物在育种上贡献的大小。复杂性状的遗传结构中主要包括基因的数量和效应大小、基因间的互作、基因与环境间的互作等。……