一株石油降解菌Aquabacterium olei NBRC 110486的基因组完成图及分析

2021-05-27唐标常江肖兴宁吴静钱鸣蓉杨华

浙江农业科学 2021年6期

关键词：分析

唐标，常江，肖兴宁，吴静，钱鸣蓉，杨华

(1.浙江省农业科学院a农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室，b 农产品质量安全与营养研究所，浙江杭州 310021；2.上海交通大学农业与生物学院，上海 200240)

Aquabacterium归属于丛毛单胞菌科，伯克氏菌目，β-变形杆菌纲[1]。目前，已经有9个种的报道，分别是Aquabacteriumcitratiphilum、Aquabacteriumcommune、Aquabacteriumparvum、Aquabacteriumfontiphilum、Aquabacteriumlimnoticum、Aquabacteriumolei、Aquabacteriumtepidiphilum、Aquabacteriumlacunae、Aquabacteriumpictum(https://lpsn.dsmz.de/ genus/aquabacterium)。菌株Aquabacteriumcitratiphilum、Aquabacteriumcommune和Aquabacteriumparvum于2009年首次从德国的饮用水系统中分离[1]，后又分别在2009和2012年从我国台湾地区温泉中分离了A.fontiphilum[2]、A.limnoticum[3]。随后，2019年在西藏的温泉沉积物中分离到了A.tepidiphilum[4]。2020年，我国台湾地区淡水池中又分离到A.lacunae[5]；另外，在日本多摩河的生物膜中分离出来A.pictum[6]。以上8株菌都从水环境中分离到，而A.oleiNBRC 110486是2015年从韩国境内被石油污染的土壤中分离获得，并且能够利用汽油、柴油和煤油作为碳源生长，具有作为生物修复菌株的潜力[7]。关于能够降解石油的细菌的报道很多，如Rhodococcus[8]、Pseudomonas[9]等。链烷1-单加氧酶AlkB是细菌降解烷烃的关键酶，也是最普遍存在的类型[10-11]。菌株NBRC 110486是Aquabacterium属中首个报道可以降解石油的菌，但是其完整的基因组没有测序，序列特征也尚未阐述。

本研究首次报道了Aquabacterium属的完整基因组序列，对基因组特征、基因簇预测和降解基因进行了分析，可以作为该属的参考序列为后续研究提供基础数据。

1 材料与方法

1.1 菌株培养与基因组DNA抽提

A.oleiNBRC 110486购买于国际保藏中心NBRC(NITE biological resource center)。菌株接种至保藏中心推荐的R2A琼脂培养基(Bacto Yeast Extract 0.5 g；Bacto Proteose Peptone No.3 0.5 g；Bacto Casamino Acids 0.5 g；Glucose 0.5 g；Soluble starch 0.5 g；Sodium pyruvate 0.3 g；K2HPO40.3 g；MgSO4·7H2O 0.05 g；Agar 15 g；Distilled water 1 L；pH 7.2±0.2)，在28 ℃活化培养3 d，随后转接至R2A液体培养基于28 ℃、200 r·min-1培养2 d。收集菌体，使用QIAGEN细菌基因组提取试剂盒，按照说明书提取基因组DNA。