基于数据挖掘分析同源盒基因C9在胃癌中的表达及意义
2021-05-21任飞飞郑鹏远
米 阳,任飞飞,刘 斌,于 泳,黄 煌,梅 璐,郑鹏远
(马歇尔医学研究中心、郑州大学第五附属医院消化内科,河南 郑州 450052)
胃癌是世界范围内发病率居第5位,病死率居第3位的恶性肿瘤[1]。胃癌以腺癌为主,又可细分为肠型和弥漫型[2]。饮食因素、吸烟、幽门螺杆菌感染是胃癌发病的主要原因[3]。胃癌的发生是多阶段的过程,涉及原癌基因的激活、抑癌基因失活、端粒酶激活以及凋亡相关基因的异常表达等[4-5]。由于早期胃癌很少出现症状,因此绝大多数患者诊断时病程已经处于晚期;除此之外,高转移率和肿瘤复发等特性,也使得胃癌患者往往预后较差[6],在大多数国家,5 a存活率在20%~40%之间[7]。因此,迫切需要寻求新的生物标志物来诊断和治疗胃癌。
近年来,高通量测序及基因芯片技术被广泛应用于各种生物医学领域,如探究肿瘤发生、发展中的关键标志物和信号通路;通过对多个疾病基因的临床测序,可以有效预防各类疾病的产生;耐药性基因突变的检测;转录调控的研究等。基于此,本研究通过分析多种数据库中胃癌的测序数据集,来分析同源盒基因C9(homeobox C9, HOXC9)基因在胃癌发病进程中的意义及其对胃癌患者预后的影响。
1 资料与方法
1.1 数据库资料收集分析利用TIMER(http://cistrome.dfci.harvard.edu/TIMER/)、Fire Browse(http: // firebrowse.org/)数据库分析HOXC9在各种肿瘤中的表达情况。利用Oncomine(https://www.oncomine.org)、基因表达谱数据动态分析(gene expression profiling interactive analysis, GEPIA;http://gepia.cancer-pku.cn/)、肿瘤基因组图谱计划(the cancer genome atlas,TCGA;https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics /tcga)以及基因表达汇编(Gene Expression Omnibus, GEO;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)数据库分析胃癌组织和正常人胃黏膜中HOXC9的表达情况。其中,TCGA数据库中下载胃癌的基因表达值数据,进行标准化处理后,分析384例胃癌患者和37例健康人胃黏膜中HOXC9的表达数据。……
