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白菜CRM 基因家族的生物信息学分析

2021-05-19王晓双

湖北农业科学 2021年9期
关键词:差异分析

朱 斌,王晓双,罗 茜,胡 鑫

(1.贵州师范大学生命科学学院,贵阳 550025;2.浙江农林大学,杭州 311300)

CRM(Chloroplast RNA splicing and ribosome maturation)结构域蛋白家族首先在古细菌和细菌中被鉴定[1],被认为参与叶绿体和线粒体基因的内含子剪接,对于植物生长发育起着重要作用[2-5]。CRM结构域蛋白主要叶绿体及线粒体基因参与I 类及II类内含子的剪接,并影响叶绿体中 rRNA 的加工[2,6];CRM 结构域蛋白还通过转录后调控来调节叶绿体或线粒体相关基因的表达[3];此外,基于拟南芥CRM家族基因的突变体研究表明,部分CRM基因在逆境条件下参与了幼苗的生长,证实CRM基因可响应逆境胁迫[4]。基于其基因结构及所包含的结构域,可将 CRM 家族结构域蛋白分为 4 类:CRS1 亚族、CAF亚族、3 亚族及 4 亚族[1,3]。其中 CRS1 亚族、CAF 亚族及3 亚族基因参与I 类及II 类内含子的剪切,4 亚族基因与核糖体亚基组装相关[3]。

白菜(Brassica rapa)为十字花科(Cruciferae)芸薹属(Brassica)植物,是人类生活极为重要的蔬菜,其富含蛋白质、糖类、多种维生素以及钙、铁等矿物质。白菜存在众多的变种,多在秋冬季种植,对低温有较强的抵抗能力,目前是中国各地乃至东南亚地区重要的、种植面积最大的蔬菜作物。目前对于白菜的研究非常广泛,主要集中在新品种研制、种质资源提升、基因组测序以及分子辅助育种等方面[7,8]。白菜全基因组测序的完成为发掘白菜基因家族的研究提供了极大的可能性。近年来,对于白菜基因家族的研究课题不断增加,如对白菜PLD、SAUR、ENT等基因家族进行鉴定和生物信息学的分析[9-11]。CRM基因家族在绿色植物叶绿体生长发育中起着不可或缺的作用,虽然在水稻[5]、拟南芥(Arabidopsis thaliana)[4]中被系统报道,但目前还未见对白菜CRM基因家族的研究。……

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