徐浩 薛瑞 李娟 李波 陈舟 朴莲花 常珊 孔韧

摘    要：通过使用分子对接与虚拟筛选技术，以SARS-CoV-2主蛋白酶（Main Protease，Mpro）为靶点，利用Autodock Vina软件和Python脚本进行分子对接，结合小分子的对接评分与结合模式分析，筛选出特异性作用于主蛋白酶的小分子抑制剂。结果发现，以SARS-CoV-2主蛋白酶原配体N3为对照，Reactive blue 2等分子具有更好的对接打分与合理的结合模式，或可成为潜在的主蛋白酶小分子抑制剂，可为寻找抗新冠病毒治疗药物提供线索。

关键词：分子对接;COVID-19;虚拟筛选;主蛋白酶;小分子抑制剂

中图分类号：R914             文献标识码：A               文章编号：2095-7394（2021）02-0065-07

2019年12月，我国武汉市出现了一种传染性极强的疾病[1]，其病原体被发现是一种新的冠状病毒，世界卫生组织将这种新型冠状病毒感染的肺炎命名为“COVID-19”。由于引发该肺炎的冠状病毒与引发SARS的冠状病毒具有高度亲缘性[2]，因此该病毒被命名为“SARS-CoV-2”。2020年1月30日，世界卫生组织（World Health Organization）宣布该事件为国际公共卫生事件，并于3月11日报告该疫情为全球性大流行。这是由冠状病毒导致的首次全球疫情大流行。截至2020年10月20日，全球累计确诊病例已超4 000万。由于SARS-CoV-2是一种先前未在人类群体中发现的β属新型冠状病毒，因此目前没有特效治疗药物[3]。随着感染人数的逐渐上升，防控和救治已经成为全球性难题。作为一种β冠状病毒，SARS-CoV-2的遗传物质是单股正链RNA，控制冠状病毒复制的主蛋白酶Mpro在病毒生命周期中有重要作用，Mpro与小核糖核酸病毒3C蛋白酶具有相似的切割位点特异性，这一酶通常被称作3CL蛋白酶[4]。……