福尔马林固定石蜡包埋标本二代测序终文库去除引物二聚体的方法
2021-04-25张科平林丹义朱小兰骆新兰
许 洁,张科平,林丹义,陈 洁,朱小兰,骆新兰
二代测序(next generation sequencing, NGS)技术能够同时对上百万乃至数十亿个DNA分子进行测序,相较于传统测序技术,其速度较快、一次可检测大量靶基因,因而广泛应用于染色体非整倍体无创产前筛查、肿瘤靶向治疗基因突变检测、遗传性肿瘤检测、病原微生物及宏基因组检测等领域。影响NGS结果的限制性因素包括:平台类别、靶区域富集方法、文库构建及扩增效率、测序数据量、生物信息学分析流程等。NGS流程主要包括3个部分:文库制备、测序和数据分析,建库是NGS实验第一步,终文库质量的好坏直接影响后续测序仪上机实验及数据分析。目前常用的建库方法有杂交捕获和扩增子建库,无论哪种建库方法都会运用PCR方法,引物二聚体是PCR实验过程中引物的3′端间相互错配扩增形成的,若终文库引物二聚体含量高,占用测序数据量,直接影响测序数据质量。如何有效去除引物二聚体,同时不影响终文库质量,是众多实验者考虑的问题,本实验应用AMPureXP beads对福尔马林固定石蜡包埋标本终文库引物二聚体进行纯化,得到较满意的结果,现介绍如下。
1 材料与方法
1.1 主要仪器与试剂石蜡标本DNA提取试剂盒QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(德国,Qiagen,56404),人多基因突变检测通用试剂盒(燃石医学,RS03F-12),人多基因突变检测捕获探针-朗克(燃石医学,RS010-12,V3),人多基因突变检测捕获探针-凯康(燃石医学,RS032-12,V2),DNA 1000 Reagents(Agilent,5067-1504),QUBIT dsDNA HS Assay(Life,Q32856),AMPureXP beads(Beckman,A63882),人类EGFR基因突变检测试剂盒(厦门艾德生物公司,8.0120201 W012B),人类KRAS基因突变检测试剂盒(厦门艾德生物公司,8.0120102W006B);高通……
