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基于转录组测序的越南安息香根、茎和叶基因表达分析

2021-04-22王小敏许婳婳詹若挺马新业

中草药 2021年8期
关键词:数据库生物

王小敏,许婳婳,詹若挺,马新业*

• 药材与资源 •

基于转录组测序的越南安息香根、茎和叶基因表达分析

王小敏1,许婳婳2,詹若挺1,马新业1*

1. 广州中医药大学 中药资源科学与工程研究中心,岭南中药资源教育部重点实验室,国家中成药工程技术研究中心 南药研发实验室,广东 广州 510006 2. 广州中医药大学中药学院,广东 广州 510006

对越南安息香进行转录组测序,获得其根、茎和叶的转录组信息特征。以越南安息香的根、茎和叶作为研究对象,使用Illumina HiSeqTM2000进行越南安息香根、茎和叶的转录组测序分析。转录组测序根、茎和叶共获得53 835 045条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得69 151条Unigenes,平均长度778.51 nt。BLAST分析表明分别有41 412(59.89%)、31 189(45.10%)、25 539(36.93%)、16 749(24.22%)个Unigenes在Nr、Swiss-port、KOG、KEGG数据库中得到注释,可归入GO分类的细胞组分、生物过程和分子功能3大类46分支,涉及129条KEGG标准代谢通路,其中有31个次生代谢标准通路。蛋白编码框序列3 461个,涉及高等植物转录因子54个家族。使用MISA软件挖掘10 974个简单重复序列(SSRs),二碱基重复SSRs数量最为丰富,有6282个(57.24%),五碱基重复SSRs最少,占2.45%。利用高通量技术和生物信息分析获得了越南安息香根、茎和叶的转录组信息特征,为后期越南安息香基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制的研究奠定基础。

越南安息香;转录组;功能基因;代谢通路;简单重复序列

越南安息香(Pierre) Crail ex Har-tw.为安息香科(Styracaceae)安息香属落叶乔木,又名越南安息香、白背安息香和滇桂野茉莉,俗称“东京野茉莉”,广泛分布于我国岭南地区,老挝、缅甸等国也有分布;其茎皮受到伤害后的分泌物干燥后作为安息香[1],始载于《新修本草》,味辛、苦,平,无毒;……

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