大花序桉顶芽转录组SSR位点信息分析
2021-04-22蒋维昕梁馨元王建忠白天道
蒋维昕,梁馨元,兰 俊,王建忠,白天道
(1.广西大学 林学院,广西 南宁 530000;2.广西壮族自治区国有东门林场,广西 崇左 532108)
SSR 表示简单拷贝序列重复(Simple sequence repeat),又称为微卫星(Microsatellite)DNA 序列,是DNA 在复制或修复过程中DNA 滑动、错配或不均等交换的结果,大多数由1~6 个核苷酸的重复片段串联组成长达几十个核苷酸的单拷贝重复序列,较为均匀的分布在动植物细胞基因组DNA 的编码和非编码区域。SSR 标记是一种以特异性引物扩增核心微卫星DNA 的两端侧翼序列,并利用电泳分析技术获得其长度多态性的分子片段标记技术。SSR 标记为共显性标记,与其他分子标记相比,SSR 标记具有扩增稳定、数量丰富、多态性高以及特异性等优势,已被广泛应用于群体遗传学研究、保护遗传学、分子标记辅助育种以及遗传图谱的构建等[1]。按其序列来源,SSR 标记可分为基因组SSRs(genomic SSR,简称gSSR)和基因表达序列SSRs(EST-SSRs,简称eSSRs 或cDNA-SSRs),前者基于基因组DNA序列开发SSR 标记,后者基于物种基因表达序列(RNA-seq)的开发[2]。与前者相比,eSSR 标记位于高度保守的物种基因序列的编码核心区,因而在近源种属甚至科间具有较高的通用性[3]。同时,eSSR 标记可通过转录组测序数据,也可通过公共基因组数据库中共享的基因表达序列标签进行引物序列的设计和开发,较为便捷和高效。另外,随着功能序列基因组学的发展,测序成本的大幅度降低,公共数据库中逐日增多的测序数据也可推动基因表达功能序列及其他与基因功能相关的SSR 标记开发。
大花序桉Eucalyptus cloeziana为桃金娘科Myrtaceae 桉属Eucalyptus昆士兰桉亚属的大型乔木,也叫昆士兰桉,树高可达55 m。……
