单志鸣，杨俊梅，孙红启，李铁威，成怡冰

手足口病（hand，foot and mouth disease，HFMD）作为一种常见儿童感染性疾病，多累及2～5 岁儿童，主要表现为口腔黏膜溃疡性疱疹及四肢末端水疱样皮疹，主要病原为肠道病毒，常见为柯萨奇病毒 A 组 16 型（Coxsackie virus A16，CA16）和肠道病毒 71 型 （Enterovirus 71，EV71），EV71 不仅引起手足口病，而且可引起严重中枢神经系统并发症，如脑膜炎、脑炎、急性迟缓性瘫痪等［1］。随着生物信息学的快速发展，通过分析筛选可以找到致病后差异表达的基因或蛋白，进一步探索其在疾病发生过程中的分子机制。笔者通过分析美国国立信息技术中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）下属的基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）［2］中 EV71 感染组和对照组的基因表达差异，探讨EV71 在感染宿主细胞后差异表达的基因，并分析这些差异表达基因所参与的生物学过程，以及在EV71 感染过程中发挥关键作用的通路途径，更好地揭示EV71 感染人体的分子机制，为后续研究提供理论基础。

1 材料与方法

1.1 数据来源在GEO 数据库中以“EV71”检索，对检索结果按照如下标准筛选：（1） 至少3 个生物学重复；（2）研究设计有对照组。筛选后得到数据集GSE136668，其包含EV71 感染人扁桃体上皮细胞组和对照组共6 个样本，使用HiSeq X Ten （Homo sapiens）平台对提取的RNA 进行高通量测序，下载基因矩阵文件后续分析。

1.2 筛选差异表达基因用在线分析网站NetworkAnalyst （https：//www.networkanalyst.ca/Network Analyst/）［3］基因表达矩阵分析模块 edgeR1 对下载的基因矩阵文件进行差异基因分析，设置筛选标准为：感染组与对照组相比差异倍数2 倍以上，P＜0.05（log|FC|＞1，P＜0.05）。

1.3 差异基因GO 分析和KEGG 分析对符合筛选标准的差异基因在NetworkAnalyst 网站的基因列……