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基质金属蛋白酶-12在肝细胞肝癌中的表达及临床意义*

2021-04-17王宝菊冯振博

广西医科大学学报 2021年3期
关键词:数据库

王宝菊,冯振博

(广西医科大学第一临床医学院病理科,南宁 530021)

肝癌是人类常见的癌症,也是男性癌症死亡的主要原因。原发性肝癌包括肝细胞癌、肝内胆管癌以及其他罕见类型[1]。尽管在诊断和治疗方面的预防技术和筛查技术取得了进展,但患者的总体生存率仍然很差[2]。随着基因技术和医学精准治疗的不断发展,需要发现新的肿瘤标志物,以帮助制定最佳的治疗策略,改善肝细胞癌(HCC)患者的预后。基质金属蛋白酶(MMPs)是一种与细胞内外基质降解相关的肽酶,并参与多种疾病的发生发展过程[3]。MMP12是该家族的成员之一,参与多种肿瘤的进展,但其活性机制在不同类型的癌症中仍存在争议。目前已有研究发现MMP12在结肠癌[4]、肺腺癌[5]、乳腺癌[6]、卵巢癌[7]、胃癌[8]等肿瘤疾病中高表达,通过相关实验验证MMP12 可能与肿瘤的侵袭和转移相关,并影响患者预后。然而,关于肝细胞癌中MMP12的整体表达情况及其在临床上可能研究价值的相关信息仍无报道。本研究从癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)、arrayExpress、Oncomine数据库中共收集到3 149例癌症样本和2 603例非癌样本,初步验证MMP12 mRNA在HCC中的表达,并采用免疫组化技术验证MMP12蛋白的表达。

1 材料与方法

1.1 肝细胞癌中MMP12表达数据来源

mRNA 序列数据集取自TCGA 和GTEx,包括326例癌组织和89例非癌组织样本。数据下载和MMP12最终的表达数据的提取通过网站ucsc-xena进行。mRNA 芯片数据从GEO 数据库进行筛选和查找,arrayExpress 和Oncomine 数据库对其进行补充,共收集到2 823例癌样本和2 514例非癌样本。此外,使用R 语言和Perl 语言技术将上述样本同平台表达值进行合并,去批次效应后scale 标准化处理。……

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