赵 祺，余佳兴，秦宇雯，任仙樱，高海东，吴志刚，姜程曦*

基于高通量测序的菜头肾叶绿体基因组的组装及序列分析

赵 祺1, 2，余佳兴1#，秦宇雯1, 2，任仙樱1, 3，高海东4，吴志刚1*，姜程曦1, 3*

1. 温州医科大学药学院，浙江 温州 325035 2. 浙江省生物医药协同创新中心，浙江 温州 325035 3. 安徽省九华山佛教医药研究所，安徽 池州 242700 4. 南京集思慧远生物科技有限公司，江苏 南京 210033

以药用植物菜头肾为材料，对其叶绿体基因组进行组装和序列分析，为进一步开展菜头肾遗传与鉴定学研究奠定基础。采用高通量测序技术首次对菜头肾叶绿体基因组进行测序，以板蓝叶绿体基因组为参考，进行特征分析和聚类关系研究。生物信息学分析表明，菜头肾叶绿体基因组总长为144 713 bp，具有典型的被子植物叶绿体基因组环状四分体结构，GC含量为38.35%；共注释得到129个基因，包括84个蛋白编码基因，37个tRNA基因和8个rRNA基因；蛋白编码基因对应的密码子偏好使用A/T碱基。系统发育研究表明，菜头肾与板蓝亲缘关系最近，提示它们在进化上具有共线性。建立了适于菜头肾植物完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法，为菜头肾的鉴定、系统发育研究奠定了基础。

菜头肾；板蓝；叶绿体；基因组；高通量测序

菜头肾C. Ling来源于爵床科马蓝亚族黄猄草属多年生草本植物[1]，别名土太子参、肉根马蓝，是温州民间著名补肾方剂“七肾汤”的君药，在临床上可与其他药物配伍或单独使用[2-3]。由于菜头肾具有显著的补肾功能，其在民间广泛使用，并已实现了人工种植[4]。……