张明晖，赵妍，孙雅丽，魏海波，杨春洁

赤峰市医院肿瘤内三科，内蒙古 赤峰 024000

昼夜节律是由一组基因节律性表达形成的24 h周期振荡的自主调节转录-翻译反馈回路。Michael Rosbash等因发现调控昼夜节律的分子机制并分离得到节律基因，获得了2017年诺贝尔生理学或医学奖。昼夜节律基因不仅控制昼夜节律，而且还调节生物体的生理机能和行为，如睡眠、摄食行为、体温和血压、激素分泌等。研究发现，昼夜节律的异常表达与人类多种疾病有关，如肿瘤。有研究报道，昼夜节律基因的破坏会导致某些恶性肿瘤的发生率提高，如乳腺癌、肺癌。乳腺癌是女性发病率最高的肿瘤，严重威胁女性健康。本研究通过统计学和生物信息方法探讨节律基因在乳腺癌中的表达变化、甲基化和突变的改变，现报道如下。

1 资料与方法

1.1 节律基因表达数据的获取

首先从NCBI数据库（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/）中下载基因功能注释文件，并通过搜索关键词“Rhythm/Circadian”筛选出与昼夜节律功能相关的184个基因。再通过NCBI-Gene数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/）对每个基因进行检索，并通过 NCBI-PubMed（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/）数据库搜索已有文献证实的基因。最终确定了32个节律基因。从癌症基因组谱数据库（TCGA，https：//www.cancer.gov/）中获取节律基因在乳腺癌中的表达数据，其中乳腺癌数据中有1109个肿瘤组织样本和113个正常组织样本。

1.2 节律基因甲基化和突变数据的获取

从MethHC数据库（https://bigd.big.ac.cn/databasecommons/database/id/120）中获得乳腺癌节律基因的甲基化数据，并用

t

检验分析肿瘤样本和正常样本中节律基因的甲基化差异性。从cBioPortal数据库（http://www.cbioportal.org/）中收集乳腺癌节律基因的突变数据，并统计每个基因在乳腺癌样本中的突变率。……