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人类miR-146a-5p靶基因预测及生物信息学分析

2021-03-05朱洪怡

激光生物学报 2021年1期
关键词:物种数据库人类

王 道,朱洪怡,楚 毅*

(中南大学湘雅二医院 a. 妇产科;b. 消化内科,长沙 410011)

微小RNA(microRNA,miRNA)是一类由18到22个核苷酸组成的短RNA分子[1],可以调节转录后基因的表达并且促进个体发育、细胞分化、机体炎症、免疫反应和癌变[2-6]等过程。这些分子通过与相应的mRNA相互作用从而形成沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC),能够结合到3'非翻译区(3'-untranslated region,3'-UTR)的互补序列,引起表达失调进而破坏信号传导途径增加人类患疾病的风险[7]。此外,许多研究报告表明miRNA是基因表达的关键调节剂,将可能成为生物标记物的候选者[8]。

人类miR-146a-5p(hsa-miR-146a-5p)自2006年被David Baltimore实验室在小鼠中鉴定发现后,其功能被一些研究证实在多种类型的癌症中起抑制基因的作用[9-10]。但是,还有研究表明miR-146a-5p在多种类型的癌症中起癌基因作用[11-12]。目前研究人员仍然对miR-146a-5p引起肿瘤的分子机制非常感兴趣,如Li等[13]对miR-146a-5p在各种恶性肿瘤中的预后价值进行全面荟萃分析,提出miRNA可能是早期预测癌症的突破口。

本研究中我们采用多种生物信息数据库提取hsa-miR-146a-5p的靶基因数据交集,并对其进行全面的基因本体(gene ontology,GO)注释分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of genes and genome,KEGG)通路富集分析,为未来对miR-146a-5p的靶基因分类鉴定及其在疾病中扮演的角色提供新的研究线索。

1 材料与方法

1.1 hsa-miR-146a-5p的定位和序列保守性的预测分析

利用UCSC(http://genome.ucsc.ed)等在线数据库查找hsa-miR-146a-5p的碱基序列、染色体定位、物种保守性等基本信息;miRbase(http://www.miR-base.org/)在线数据库搜寻hsa-miR-146a-5p在染色体的分布位置;使用Clustal Omega软件分析16个不同物种如智人(Homo sapiens)、黑猩猩(Pan troglodytes)、小家鼠(Mus musculus)、褐家鼠(Rattus norvegicus)、青鳉(Oryzias latipes)、家兔(Oryctolagus cuniculus)等的成熟序列的碱基信息并预测其保守性(表1)。……

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