黄条生长性状全基因组关联分析*
2021-03-05崔爱君徐永江柳学周
崔爱君 徐永江 王 滨 姜 燕 柳学周
崔爱君1,2徐永江1,2①王 滨1姜 燕1柳学周1
(1. 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 青岛 266071；2. 上海海洋大学水产与生命学院 上海 201306)
全基因组关联分析(Genome-wide association study, GWAS)是应用全基因组范围内的大量分子标记(一般为SNP)，将标记基因型结合性状表型进行联合分析，统计每个标记与目标性状之间的关联性大小(一般用值表示)，鉴定出与目标性状密切相关且具有特定功能和育种潜力的基因位点或分子标记，主要用于物种经济性状相关SNP分子标记以及功能基因的鉴定，从而达到缩短育种周期和提高育种效率的目的，目前已在畜禽等脊椎动物育种中广泛应用(Tavares, 2020; Müller, 2019; Cui, 2016; Zhang, 2019)。近年来，随着基因组高通量测序技术的发展及测序成本的降低，GWAS开始应用于水产养殖动物的育种研究，如在大黄鱼()、鲶鱼()、凡纳滨对虾()、龙胆石斑鱼()、虾夷扇贝()等物种的生长性状关联SNP位点、候选基因的挖掘和鉴定(Zhou, 2019; Li, 2017; Yu, 2019; Wu, 2019; Ning, 2019)方面应用并取得了一定进展。但是，与陆生脊椎动物相比，GWAS在水产动物育种中的应用尚处于起步阶段。
1 材料与方法
1.1 实验材料
1.2 基因组DNA提取与质量检测
使用QIAGEN公司生产的动物基因组DNA提取试剂盒(DP121221)，参照试剂盒使用说明，提取鳍条基因组DNA。用NanoDrop 2000分光光度计(Thermo, 美国)测定基因组DNA浓度，通过1%琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性，通过260 nm/280 nm的比值来判断DNA的质量。将质检合格的DNA浓度稀释至100 ng/µl，于–20℃条件保存备用。
