基于特异性增强子的低级别胶质瘤分型研究
2021-02-17严光灿刘美娜
严光灿 田 伟 刘美娜
哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计教研室,150081 黑龙江 哈尔滨
脑胶质瘤是神经系统最常见的恶性肿瘤,按恶性程度可将其分为I~IV级[1]。由于患者异质性高,预后差异大,2016年新的分类标准增加了形态学和分子特征;2021年进一步增加了甲基化等特征[2-3]。临床上II~III期的胶质瘤患者被统称为低级别胶质瘤(lower grade glioma,LGG),相对于I期和IV期胶质瘤,LGG患者的肿瘤异质性更高,如肿瘤微环境中的细胞成分及含量不同、预后差异大等[4-5];即使病理类型相同的患者在接受相同治疗后,治疗结局仍有很大差异[6],精准的分型有助于临床医生选择更合理的治疗方案。免疫相关基因(immune related genes, IRGs)异常与免疫浸润、肿瘤发生发展、治疗抵抗等过程息息相关,增强子对IRGs的表达有重要的调控作用。增强子是DNA序列上重要的远端调控元件,其转录本称为增强子RNA(enhancr RNA,eRNA),eRNA含量可代表增强子的功能活性。增强子在各类肿瘤/正常组织中广泛表达,而不同组织、癌症间,其表达有明显的特异性[7]。因此,研究特异性增强子调控的靶基因,有助于LGG患者精细、合理地分型;分析各型患者间的特征差异,对促进精准医疗实施、改善患者预后及相关机制研究具有重要意义。
1 资料与方法
1.1 数据获取与样本筛选
从癌症基因组图谱数据库(the cancer genome atlas, TCGA;www.xena.ucsc.edu/)获取LGG患者的基因表达数据、临床表型数据及预后生存数据作为训练数据集;从中国胶质瘤基因组图谱数据库(chinese glioma genome atlas, CGGA;www.cgga.org.cn/)获取相同类型数据作为验证集。由于CGGA数据包括2个批次的数据,因此需要进行批次校正。……
