结肠腺癌APC2基因表达及预后的生物信息学分析*
2021-02-10胡明超王强吴嘉旭俞文渊南京医科大学附属江苏盛泽医院普外科南京医科大学康达学院盛泽临床医学院江苏苏州215228
胡明超,王强,吴嘉旭,俞文渊(南京医科大学附属江苏盛泽医院普外科&南京医科大学康达学院盛泽临床医学院,江苏苏州 215228)
截止目前为止,大肠癌(colorectal cancer, CRC)仍然维持着高发生率以及高死亡率[1]。血清癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)和糖类抗原19-9(carbohydrate antigen19-9,CA19-9)是预测和评估大肠癌预后的常用生物学标志物[2]。然而,CEA和CA19-9作为诊断和监测大肠癌生物学标志物的敏感性和特异性仍然较低[3]。因此,寻找具有高度敏感性和特异性的生物学标志物,用于改善肿瘤的诊疗并进行预后评估仍然是目前研究的重点。腺瘤性结肠息肉病基因(adenomatous polyposis coli,APC)已在结肠癌、肝癌等多种恶性肿瘤中得到了广泛的研究[4-5]。APC2是其同源基因,位于染色体19p13.3上[6],并被证实在多种人类癌症进展中发挥重要作用,包括视网膜母细胞瘤(RB)肿瘤、淋巴细胞白血病和卵巢癌等[7-8]。然而,目前国内仍缺乏关于APC2基因与大肠癌的相关研究。本研究基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库挖掘APC2基因在结肠癌中的表达及预后评估作用,以期为进一步阐明APC2基因在大肠癌发生、发展中的作用提供新的研究方向。
1 材料与方法
1.1数据来源 从TCGA公开数据库(https://cancergenome.nih.gov,访问日期:2021年3月8日)下载所有结肠腺癌(colon adenocarcinoma, COAD)癌组织和癌旁组织APC2mRNA的转录组表达数据以及相对应的每例患者的临床病理及预后资料[9-10],具体包括患者年龄、性别、肿瘤浸润深度分期(T)、淋巴结分期(N)、转移分期(M)、TNM分期和患者总生存期(overall survival, OS)。
1.2相关资料整理 下载的TCGA数据中包含APC2基因表达量的COAD癌组织455例以及癌旁组织41例,对其进行正态性检验并分析二者之间是否存在表达差异。……
