综合分析TCGA与GEO甲基化数据鉴定胆管癌预后相关基因SOX9和FZD10
2021-01-28
肝胆胰外科杂志 2021年1期
(青岛大学附属医院 肝病中心,山东 青岛 266000)
胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)是一种起源于胆道上皮细胞的恶性肿瘤,根据其解剖起源位置可分为肝内CCA、肝门部CCA和远端CCA[1]。手术切除仍然是CCA唯一可能治愈的方法。由于缺乏早期诊断的生物标志物,只有1/3的患者有机会手术,大多数患者通常被诊断时已接近晚期[2],且术后2年内CCA患者复发和远处转移的几率仍较高[3]。此外,据文献统计CCA的发病率和病死率正逐年上升[4-5]。
DNA甲基化是一种核心的表观遗传修饰,在细胞过程中起着关键作用,如基因组调控、机体发育和疾病发生[6]。近年来DNA甲基化模式的失调越来越被认为是肿瘤发生的起始和晚期的一个重要基因事件[7]。大量的研究已经证明抑癌基因的高甲基化和癌基因的全局低甲基化在癌症的发生和进展中,包括在CCA中起着至关重要的作用[8]。Chen等[9]发现,O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子高度甲基化,MGMT表达水平与CCA总生存率和组织学分级呈正相关。此外,GATA-5、ANGPTL4和DLEC1的异常甲基化已被证实参与CCA的发生和发展[10-12]。尽管在CCA中发现了几个具有特异性的低甲基化或高甲基化基因,但是基于这些基因的甲基化谱和相关通路的综合网络研究还不够深入。基因图谱和下一代测序技术已经成为癌症研究不可或缺的工具,其可以检测癌症相关的遗传和表观遗传变化,如突变、拷贝数变化以及更广泛的基因组区域DNA甲基化变化[13-14]。这些数据的生物信息学分析可以为CCA的研究提供有价值的信息。Kong等[15]基于CCA的……
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