成都市猫诺如病毒的检测及VP1基因序列分析
2021-01-26黄思琦杨晓农
黄思琦,黄 坚,杨晓农,郭 琪,李 妍
(西南民族大学畜牧兽医学院,四川成都 610041)
猫诺如病毒(Feline norovirus, FNoV)属于杯状病毒科(Caliciviridae)诺如病毒属(Norovirus),为无囊膜的单股正链RNA病毒[1]。基因组全长约7.5 kb,含有编码非结构蛋白(NS)和结构蛋白(VP)的3个开放阅读框(open reading frames,ORFs)[2]。ORF1编码6个非结构蛋白,其中RNA聚合酶区域在杯状病毒科中高度保守,为检测常用的靶基因。ORF2编码分子质量约57 ku的病毒主要衣壳蛋白VP1,该蛋白能自动装配并形成病毒衣壳,根据其序列同源性差异可将诺如病毒分为7个基因群[3-4]。其中猫诺如病毒分为GⅣ基因群与GⅥ基因群,在美国和巴西已检测出GⅣ基因群[5-6],在意大利则为GⅥ基因群[7],日本报道同时存在GⅣ和GⅥ基因群[8-9]。诺如病毒可感染人、猫、犬、猪、牛、狮子等多种动物[10-12],主要经消化道途径传播,以幼龄和老龄者最为易感。人类的非细菌性胃肠炎中,50%以上是由诺如病毒感染导致的[2]。
自2010年美国首次从猫腹泻样本中检测出FNoV[5],随后在日本[8-9]、巴西[6]、意大利[7]的猫腹泻样本中也相继检出。目前文献报道用于检测FNoV的PCR引物有3对,均针对病毒保守的RNA聚合酶3'端区域。其中广泛性引物p289d-p290d为最早建立的检测杯状病毒科的引物[13],用于不同物种的诺如病毒的检测[7-8,14],该引物被多次用于不同国家猫腹泻样本中FNoV的检测[5-9]。引物JV12Y/13I为检测诺如病毒的特异性引物[15],有研究将其与引物p289d-p290d联合用于FNoV检测[7]。引物FNoV-F9/R15是基于FNoV序列而设计的特异性引物[5],有研究表明使用该引物的检出率(6/14)高于使用广泛性引物p289d-p290d的检出率(3/14)。可见,使用不同检测引物的检测灵敏度存在差异。……
