激素性股骨头坏死mRNA与非编码RNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析
2021-01-22李嘉程杨曦梁学振阎博昭许波李刚
李嘉程,杨曦,梁学振,阎博昭,许波,李刚
1山东中医药大学第一临床医学院,济南 250014;2新疆军区总医院检验科,乌鲁木齐 830000;3山东中医药大学附属医院骨科,济南 250014
激素性股骨头坏死(steroid-induced osteonecrosis of the femoral head,SONFH)是骨科常见的难治性疾病之一。长期服用激素会对股骨头产生一定的影响,最终加重股骨头的缺血,引起成骨-破骨代谢异常,进而导致塌陷。塌陷是股骨头软骨下骨力学属性失败的重要特征,是决定SONFH治疗方案最重要的因素[1],目前SONFH发病趋于年轻化且治疗困难,已成为导致青壮年髋关节残疾的最常见原因之一[2]。因此,深入了解SONFH发生发展机制,寻找新的分子标志物以提高其早期诊断率、深入探究其发病的分子机制以提高药物的治疗效果,对于改善SONFH患者的预后具有重要意义。迄今为止,大量非编码RNA(non-coding RNAs,ncRNAs)已被发现参与控制基因表达和激活途径,从而影响SONFH的进展。鉴于长链非编码RNA(long noncoding,lncRNAs)自身表达的丰富性和组织表达的特异性,组织中表达失调的lncRNAs可作为SONFH早期诊断和预后判断的分子标志物。此外,研究表明,作为miRNAs的竞争性内源RNA(competitive endogenous RNAs,ceRNA),lncRNAs在疾病的发生和发展中发挥关键作用,是人类多种疾病的重要调节因子。然而,大多数lncRNAs在SONFH发生中的生物学作用和临床意义尚不完全清楚。为此,本研究通过生物信息学方法分析SONFH的相关差异表达基因,构建lncRNA、miRNA及mRNA之间的ceRNA调控网络,探讨差异表达基因的生物学功能及潜在机制。
1 材料与方法
1.1 数据来源 在高通量测序SRA数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)检索SONFH相关去核糖体的转录组测序……
