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一、跨地区经营汇总纳税企业分摊税款现状

2012年国家税务总局制定下发了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（以下简称《办法》），《办法》明确汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的征收管理办法。具体是由总机构统一计算应纳税所得额和应纳税额；总机构承担50%应纳税额，分支机构之间按照营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素（以下简称：“三因素法”）计算分摊各自应纳税额，分别在属地缴纳企业所得税。

甲公司为一跨地区经营汇总纳税企业，总机构为A，总机构本身设立具有主体生产经营职能的部门B、B部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与总机构管理职能部门可以分开核算；在其他地区设置C、D两个分支机构，甲公司2019年共实现营业收入3000万元，内部四个主体 A、B、C、D分别实现营业收入为0、1500万元、900万元、600万元；职工薪酬分别为100、250、150、100万元；资产总额分别为1200、900、600、500万元，实现的利润分别为80、200、120、0万元。按照现行办法计算如下：

甲公司利润总额=80+200+120+0=400万元；

总机构A应纳企业所得税=400*25%*50%=50万元；

总机构具有主体生产经营职能的部门B、分支机构C、D合计应缴纳企业所得税=400*25%*50%=50万元，按照三因素法计算分摊结果：

B分摊的比例=0.35*1500/（1500+900+600）+0.35*250/（250+150+100）+0.3*900/（900+600+500）=48.5%

C分摊的比例=0.35*900/（1500+900+600）+0.35*150/（250+150+100）+0.3*600/（900+600+500）=30%

D分摊的比例=0.35*600/（1500+900+600）+0.35*100/（250+150+100）+0.3*500/（900+600+500）=21.5%

B分摊的企业所得税=50*48.5%=24.25万元；C分摊的企业所得税=50*30%=15万元；D分摊的企业所得税=50*21.5%=10.75万元。假定甲公司现金流量与利润同步实现，当期利润全部以现金形式收回，各主体按照汇总纳税企业与假定其为独立法人纳税情况比较如下：