基于全基因组序列的弯曲菌特征分析
2021-01-12杨臻辉黄金林
生物信息学 2020年4期
孙 磊,杨臻辉,恽 茜,黄金林
(1.扬州大学 信息工程学院,江苏 扬州 225127;2.扬州大学 人工智能学院,江苏 扬州 225127; 3.江苏省人兽共患病学重点实验室,江苏 扬州 225009; 4.江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心,江苏 扬州 225009
弯曲菌(Campylobacterspp)是一类能够引起人类腹泻的人兽共患病病原菌[1]。因弯曲菌感染引起的肠炎病例数仅次于沙门氏菌和志贺氏菌[2]。在已发现的弯曲菌种类中,空肠弯曲菌和结肠弯曲菌是引起人类腹泻的主要致病菌,90%以上的病例由这两种病原引起[3],而其中空肠弯曲菌和结肠弯曲菌分别约占90%和10%[4]。空肠弯曲菌和结肠弯曲菌广泛存在于自然界,通过传统流行病学方法并不能准确确定传染源[5]。在WHO食品安全工作计划中,弯曲菌被划列为重点检测的食源性致病菌之一,许多国家也相继开展了对弯曲菌的监测。
目前弯曲菌检测主要针对空肠弯曲菌。传统检测方法包括前增菌、细菌分离和种的鉴定等步骤,其工作强度较大且耗时长,需要约5~6天才能完成检测[6]。同时,这些传统检测方法所依赖的关键生化反应—马尿酸盐水解试验可能导致假阴性和假阳性结果[7],从而影响后续分析。近年来一些基于常规或定量PCR的方法被用于弯曲菌的检测。荧光定量PCR方法较常规PCR具有更好的灵敏度,但仍存在不能有效区分细菌的死活状态以及不能获得活的培养细菌等问题[8-10]。同时,这些PCR方法所使用的试剂昂贵,且实验步骤多,容易产生样本间的交叉污染,从而导致假阳性和假阴性结果。……
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