LATE-PCR非标探针法检测食管癌易感基因ALDH2 rs671位点3种基因型
2021-01-07周路敏张振辉赵贵森
杨 斌,杨 瑞,周路敏,张振辉,冯 巍,赵贵森
食管癌(esophageal cancer,EC)是威胁人类健康和生命的主要恶性肿瘤之一[1]。早干预、早发现是EC防治的关键。我国人口基数大,只有集中资源于高危人群,进行精准干预、精准筛查,才能保证防治的社会效果[2-5]。因此,准确地识别高危人群,是高效防治的前提。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs671,是识别EC高危人群最有价值的遗传标记[6]。rs671在乙醛脱氢酶2(aldehydedehydrogenase2,ALDH2)基因的编码区内,有2个等位基因(G、A),3种基因型(GG、GA、AA)。等位基因A主要见于东亚人群,与食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)密切相关[6-9]。GA型个体的酶活性显著降低,ESCC风险增加7倍多。SNP rs 671与其他ESCC风险因素还有很强的交互作用。在饮酒人群中,GA型/GG型的比值比(odds ratio,OR)可高达13.5,群体归因危险度(population attributable risk,PAR)超过50%[8-10]。SNP rs 671与多种其他肿瘤和心血管疾病也有密切的联系[11-14]。
鉴于ALDH2 rs671的重要影响,对其分型方法的研究由来已久,可分为表型分型、基因分型两大类[15]。前者如酒精斑贴试验、面红反应问卷、呼气试验等,简单易行,但影响因素多,易漏检。基因分型法准确、可靠,但成本高、操作复杂,大规模应用受限[16-18]。本研究把LATE(Linear-After-The-Exponential)-PCR非标探针技术和链融解曲线分析法(melting curve analysis,MCA)结合起来[19-26],从模板提取、PCR扩增、分型等方面对rs671位点的基因分型法进行改进,旨在简化操作、降低成本,为EC高危人群筛查、法医嫌疑人排查等大样本分析提供合适的方法。现报道如下。
1 材料与方法
1.1 仪器、试剂与样品
Rotor-Gene Q 5Plex HRM荧光定量PCR仪(德国QIAGEN),微量紫外可见分光光度计(杭州晶飞),高速台式离心机(上海安亭);热启动Taq DNA聚合酶(加拿大Fermentas),20×Eva Green荧光染料(美国Biotium);本实验室保存、SNP rs671基因型已知个体的口腔拭子[26],GG、GA型各5人份,AA型2人份,用Chelex 100法提取基因组DNA,冷藏备用。……
