杨 晓，马子豪，马 婕，吕金盈，何 娟，王长生，李爱暖，陈 晨，曾 锐*

粗茎秦艽种子萌发过程的转录组及关键因子分析

杨 晓‍1，马子豪‍1，马 婕‍1，吕金盈‍1，何 娟1，王长生‍2，李爱暖‍1，陈 晨‍3*，曾 锐‍1*

1. 西南民族大学药学院，四川 成都 610041 2. 石柱土家族自治县农业农村委员会，重庆 409100 3. 西南民族大学青藏高原研究院，四川 成都 610041

研究粗茎秦艽种子萌发的转录组信息及影响因子。利用高通量测序技术测定粗茎秦艽种子萌发前、萌发中及萌发后3个阶段的转录组，并通过生物信息学技术进行分析。共获得了149 463条Unigenes，平均长度为601.88 bp，其中79 412个Unigene获得注释。6943个基因差异表达，大部分表现为萌发后上调表达，其中5188个富集到GO条目中，1815个富集到KEGG通路中，大多参与光反应过程、细胞壁合成、脂质代谢及次生代谢中。单碱基到六碱基核苷酸的SSR重复类型均有检出，SSR发生频率为15.13%，出现频率为18.81%，平均每3199 bp就含有1个SSR位点，SSR重复类型丰富，数目较多。粗茎秦艽种子萌发过程有大量调控基因参与，光照、激素为重要的调控因子，SSR专用标记的开发切实可靠，且为粗茎秦艽的次生代谢调控研究奠定了基础。

粗茎秦艽；种子；转录组；代谢通路；SSR标记；RNA-seq

秦艽性味辛、苦、平，归胃、肝、胆经，首载于《神农本草经》，列为中品，具祛风湿、清湿热、止痹痛和退虚热的功效‍[1]，为我国常用的重要药材。粗茎秦艽Duthie ex Burk.为《中国药典》2015年版秦艽确定的基原之一，是我国目前栽培量最大的秦艽品种‍[2]。近年来临床用药量增加，过度采挖导致秦艽野生资源日渐枯竭‍[3]，秦艽价格不断上涨迫切需要开展秦艽规模化人工栽培。……