施秀　张婷婷　贡成良　曹广力　薛仁宇　张星　胡小龙

摘要 [目的] 探讨异育银鲫在维氏气单胞菌感染的条件下肾脏组织基因表达谱。[方法]运用RNA-sequencing技术分析健康和感染维氏气单胞菌的异育银鲫肾脏组织中mRNA表达水平的变化。[结果] 通过比较维氏气单胞菌感染组与健康对照组异育银鲫肾脏组织基因表达的差异，发现维氏气单胞菌感染后11 567个基因表达水平发生了显著变化，其中5 634个基因表达水平发生上调，5 933个基因表达水平发生下调。对所有差异表达基因（DEGs）进行功能注释（GO）分析，发现1 325个DEGs含有GO注释，其中上调和下调表达基因分别为581和744个;GO注释结果显示，上调表達基因主要富集于RNA指导的DNA聚合酶活性、Ⅱ型特异性脱氧核糖核酸酶活性、内切酶活性等;下调表达基因主要富集于吡哆醛结合、肽酶抑制剂活性和RNA指导的DNA聚合酶活性等。对所有DEGs进行KEGG通路分析，发现545个DEGs（215个上调表达基因，330个下调表达基因）含有KEGG注释;上调表达基因主要富集于内质网中的蛋白质加工、抗原加工和呈现和雌激素信号通路等KEGG通路;下调表达基因富集通路主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞黏附分子和jak-STAT信号通路等KEGG通路。对差异表达基因进行荧光定量PCR验证，发现其与RNA-sequencing结果具有相似的表达趋势。[结论] 这些研究结果可为后续解析异育银鲫对A.veronii感染的发病机制提供参考数据。

关键词 维氏气单胞菌;异育银鲫;表达谱

中图分类号 S 943文献标识码 A文章编号 0517-6611（2020）23-0131-07

doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2020.23.032

Gene Expression  Pattern Analysis of Carassius auratus gibelio Infected by Aeromonas veronii

SHI Xiu， ZHANG Ting-ting， GONG Cheng-liang et al

（School of Biology & Basic Medical Sciences， Soochow University， Suzhou， Jiangsu 215123）

Abstract [Objective] The purpose of this study was to explore the mRNA expression pattern in the kidney tissues of Carassius auratus gibelio infected by  Aeromonas veronii. [Method] RNA-sequencing was applied to analyze the gene expression pattern in the kidney tissues of healthy C. auratus gibelio and C. auratus gibelio infected by A. veronii. [Result] Through comparing the gene expression differences of kidney tissues of C. auratus gibelio in healthy group and A. veronii infection group， it was found that the expression level of 11 567 genes had significant changes， 5 634 genes were up-regulated and 5 933 genes were down-regulated .Through functional annotation （GO） analysis of all differentially expressed genes （DEGs）， it was found that 1 325 in all DEGs had GO terms， containing 581 up-regulated genes and 744 downregulated genes. GO annotation results showed that  upregulated genes were enriched into the RNA-directed DNA polymerase activity，Type Ⅱ site-specific deoxyribonuclease activity and endonuclease activity，and downregulated genes were enriched into pyidoxal binding， peptidase inhibitor activity and RNA-directed DNA polymerase activity. Through KEGG pathway analysis of all DEGs， it was found that 545 DEGs （215 up-regulated genes and 330 down-regulated genes） contained KEGG annotations. Upregulated genes were enriched into the KEGG pathways of protein processing in endoplasmic reticulum， antigen processing and presentation and esterogen signaling pathway，  wherein， downregulated genes were enriched into the KEGG pathways of cytokine-cytokine receptor interaction， cell adhesion molecules and jak-STAT signaling pathway. The expression levels of several genes were selected to validate by real-time PCR and the results showed that they had the similar expression tendency.  [Conclusion] These results could provide reference data for the subsequent analysis of the pathogenesis of A. veronii infection in C. auratus gibelio.

Key words Aeromonas veronii;Carassius auratus gibelio;Expression pattern

鲫鱼（异育银鲫）作为我国重要的淡水养殖鱼品种之一，其适应性强、生长速度快、人工养殖简单及其营养丰富和肉味鲜美，深受消费者的青睐，其养殖量约占全国淡水鱼养殖产量的10.67%[1]。随着规模化、节约化养殖模式的不断发展，养殖鱼类因养殖过程中所发生的因病原体感染造成的经济损失日益加剧。出血性败血症对鲫鱼养殖的影响非常大，目前认为鲫鱼出血性败血症由鲤疱疹Ⅱ型病毒（CyHV-2）感染和细菌（维氏气单胞菌和嗜水气单胞菌）感染引起，其中前者致病性强，致死率高，发展迅速、短时间内可造成大规模的鲫鱼死亡;后者发病过程相对温和。关于CyHV-2造成的鲫鱼出血性败血症已有诸多报道[2-4]，但关于维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）导致的鲫鱼出血性败血症的报道相对较少，对其发病机制的了解甚少。

目前，高通量测序技术已发展成熟，此技术已经在大量物种中开展了基因时空表达研究，此技术能够快速获得某物种在特定条件下整体基因表达水平的变化，为整体认识物种中基因表达调控提供了重要的技术手段。RNA-sequencing技术在鱼类免疫研究中也得到了广泛应用，例如研究草鱼呼肠孤病毒（grass carp reovirus，GCRV）感染草鱼后基因表达差异[5];淋巴囊肿病毒（lymphocystis disease virus，LCDV）感染牙鲆（Paralichthys olivaceus）后基因表达差异[6];传染性鲑鱼贫血症病毒（infectious salmon anaemia virus，ISAV）感染大西洋大马哈鱼（Salmo salar）后基因表达差异[7];鲤春病毒血症病毒（spring viremia of carp virus，SVCV）感染斑马鱼（Danio rerio）后基因表达差异[8]等;安圭拉弧菌（Vibrio anguillarum）感染大菱鲆（Scophthalmus maximus）后肠道的基因表达差异[9];嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）感染钝口鲷（Megalobrama amblycephala）后肾组织的基因表达差异[10];嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）感染金马西尔（Tor putitora）后肝脏的基因表达差异[11];爱德华氏菌（Edwardsiella ictaluri）感染黄鲶鱼（Pelteobagrus fulvidraco）后脾脏组织的基因表达差异[12]等。此项技术的应用，让人们从整体水平上认识在病原体感染的情况下宿主细胞内基因的表达谱特征变化。

笔者利用RNA-sequencing技术研究了维氏气单胞菌感染异育银鲫的肾组织中基因的表达模式，比较分析了维氏气单胞菌感染和未感染异育银鲫肾脏组织中基因表达模式的异同，并对差异表达基因进行了功能注释和信号通路分析，旨在为探索异育银鲫对维氏气单胞菌的感染应答机制提供线索。

1 材料与方法

1.1 试验材料

健康异育银鲫采样于江苏省昆山市澄湖水产良种场，体重约30 g/尾，在充氧条件下按照常规饲养条件进行人工饲养。维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）由笔者所在实验室保存，来源于自然发病的异育银鲫，通过16S rRNA基因测序进行物种鉴定。随机选取3尾健康异育银鲫进行腹腔注射，发病后取其肾脏组织作为试验组A2;取3尾健康异育银鲫的肾脏组织作为对照组B。

1.2 试验方法

1.2.1 文库构建与测序 。

利用mirVanaTM miRNA Isolation Kit（Ambion-1561）试剂盒提取试验组和对照组肾脏组织样本中总RNA;高质量的RNA构建测序文库;构建的文库质量经Agilent 2100 Bioanalyzer质检分析;使用Illumina HiSeqTM 4000测序仪进行测序。RNA-sequencing测序委托上海欧易生物医学科技有限公司完成。

1.2.2 测序数据评估。

HiSeqTM 4000测序仪产生的原始数据raw reads，进行过滤处理获得clean reads。为了避免样本污染，随机从每個样本中抽取25万对reads与数据库（ftp：∥ftp.ncbi.nih.gov/blast/db）进行比对，分析统计序列来源。

1.2.3 De novo测序。

利用Trinity（trinityrnaseq_r20131110）软件[13]的paired-end拼接法，将clean reads拼接为转录本序列;通过序列相似性和长度综合分析，选取一条最长的转录本序列作为unigene;运用TGICL2.1软件[14]聚类去冗余，获得最终的unigene，de novo拼接所产生的unigene作为后续分析的参考序列。

1.2.4 基因功能的注释。

通过Blastx工具将所有获得的unigene序列分别与数据库NR、SWISSPROT和KOG比对，选取e值<10-5的注释，获得与unigene具有序列相似性最高的蛋白;利用KAAS（http：∥www.genome.jp/kaas-bin/kaas_main）软件分析unigene所涉及的KEGG信息;根据SWISSPROT注释结果，得到unigene的GO功能注释信息。

1.2.5

Unigene表达丰度。

使用bowtie2 [15]和eXpress[16] 软件分析unigene在试验组和对照组样本中的表达水平。使用FPKM法（fragments per kilobase per million reads）计算unigene的表达水平[17]。

1.2.6 筛选差异基因（DEGs）。

利用DESeq软件[18]计算试验组和对照组样本中基因表达水平差异，差异基因筛选标准为P<0.05且差异倍数（fold change）>2。

1.2.7 DEGs的功能注释（GO）和KEGG富集分析。

利用超几何分布检验方法计算每个GO条目中差异表达基因富集的显著性。利用KEGG数据库[19]对差异基因进行Pathway分析，并用超几何分布检验的方法计算每个Pathway条目中差异基因富集的显著性。

1.2.8 Real-time PCR。

为了验证RNA-sequencing数据的可靠性，随机选取5个显著差异表达的mRNA[IL-11（IL）、C型溶菌酶（ctl）、类胰岛素生长因子受体（ILG）、白细胞介素-13受体（ILR）、toll样受体-9（TLR）]进行Real-time PCR验证。从试验组和对照组肾脏组织样本中提取总RNA，DNAse Ⅰ 消化后的总RNA用随机引物进行反转录。Real-time PCR操作按照TransStart Tip Green qPCR SuperMix说明书进行。Real-time PCR所用定量引物见表1。基因相对表达水平以2-ΔΔCt法计算。

2 结果与分析

2.1 文库质量检测与de novo数据拼接

通过对试验组A2和对照组B所构建的2个文库进行RNA-sequencing测序获得raw bases，经过滤后得到clean reads，统计显示clean reads占raw bases的比例约98%（表2）。随机从试验组和对照组样本中抽取25万对reads与数据库（nt）比对，分析序列的物种来源。结果显示，试验组A2样本中reads匹配的前10物种仅为异育银鲫或其近缘物种，对照组B样本中reads匹配的前10物种也为异育银鲫或其近缘物种，及A.veronii（图1A、B）。以上研究结果表明，2个样本测序数据具有较高质量，且不存在其他微生物污染。为便于后续的研究和应用，测序的原始数据均已保存在NCBI公共数据库SRA（SRR8259812和SRR8259811）。通过对unigene的数量与长度分布统计，共获得220 374个unigene，平均长度为818.04 bp（图1C）。将检测到的unigene进行数据库物种信息匹配，发现试验组注释的亲缘物种top5依次为犀角金线魮（12 722个unigene，占25.83%）、鲤鱼（9 915个unigene，占20.13%）、安水金线鲃（8 727个unigene，占17.72%）、金线鲃（5 901个unigene，占11.98%）、斑马鱼（2 878个unigene，占5.84%）（图1D）。

2.2 unigene功能注释

为了全面了解所有unigene的潜在功能，将获得的unigene分别与5个数据库（NR、SWISSPROT、KOG、GO和KEGG）进行序列比对，结果显示NR数据库中存在49 248个unigene、SWISSPROT数据库含有32 191个unigene、KOG数据库存在24 369个unigene、GO数据库含有28 873个unigene和KEGG数据库含有13 330个unigene（表3）。

将所有unigene进行GO注释后归类到生物学过程（biological process，BP）、细胞组分（cellular component，CC）和分子功能（molecular function，MF）三大类，并进一步细分至64个亚类中。试验组样本中的unigene注释至BP有164 430个（50.55%），注释至CC有121 189个（37.26%），注释至MF有39 670个（12.20%）（图2A）。将所有unigene进行KEGG信号通路分析，结果显示所有unigene主要分为细胞进程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病、代谢和有机系统6个代谢途径，进一步分析显示这些unigene参与42个KEGG信号通路。试验组样本中发现13 330个unigene含有KEGG注释，其中unigene主要富集于信号转导（9 357个unigene）、感染性疾病（6 003个unigene）和癌症（5 966个unigene）等相关通路（图2B）。

2.3 差异表达基因统计

根据差异表达基因（DEGs）筛选要求P<0.05且差异倍数（fold change）>2，比较了试验组样本和对照组样本中mRNA的表达水平差异，发现11 567个DEGs，其中5 634个基因表达水平上调和5 933个基因表达水平下调。根据DEGs绘制火山图（图3），通过火山图可以直观地了解试验组和对照组样本中基因的差异表达情况。

2.4 DEGs的GO注释分析

通过试验组和对照组样本中基因表达水平比较以及GO数据库分析，发现1 325个DEGs存在GO注释，其中分别包括581上调表达基因和744个下调表达基因。GO注释分析显示上调表达基因主要富集于RNA指导的DNA聚合酶活性（RNA-directed DNA polymerase activity）、Ⅱ型特異性脱氧核糖核酸酶活性（Type Ⅱ site-specific deoxyribonuclease acitvity）和内切酶活性（endonuclease activity）等（图4A）;下调表达基因主要富集于吡哆醛结合（pyidoxal binding）、肽酶抑制剂活性（peptidase inhibitor activity）和RNA指导的DNA聚合酶活性（RNA-directed DNApolymerase activity）等（图4B）。

2.5 DEGs的KEGG富集分析

通过试验组和对照组样本中基因表达水平比较以及KEGG数据库分析，发现有545个DEGs参与KEGG信号通路，其中包括215个上调表达基因和330个下调表达基因。上调表达基因主要富集于内质网中的蛋白质加工（protein processing in endoplasmic reticulum）、抗原加工和呈现（antigen processing and presentation）和雌激素信号通路（esterogen signaling pathway）等KEGG通路（图5A）;下调表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用（cytokine-cytokine receptor interaction）、细胞黏附分子（cell adhesion molecules）和jak-STAT信号通路（jak-STAT signaling pathway）等KEGG通路（图5B）。

2.6 Real-time PCR验证

为了验证RNA-sequencing数据的可靠性，随机选取5个基因（IL-11、C型溶菌酶、类胰岛素生长因子受体、白细胞介素-13受体和toll样受体-9基因）进行Real-time PCR验证，结果显示Real-time PCR结果与RNA-sequencing数据的变化趋势相一致（图6）。

3 讨论

鲫鱼养殖过程中遭受多种病原菌的感染，维氏气单胞菌是其中的一种，此类细菌的感染会造成鲫鱼出血性败血症，严重损伤肾脏组织，造成坏死和解体等病理现象。该研究利用维氏气单胞菌感染异育银鲫肾脏组织进行比较转录组分析，以期从基因表达调控方面明晰异育银鲫对维氏气单胞菌感染的免疫应答。由于异育银鲫的遗传背景中的基因组信息不清楚，利用de novo测序技术，拼接完成了异育银鲫的转录组水平遗传信息，并在此基础上开展了维氏气单胞菌感染和未感染异育银鲫之间的差异转录组分析，所获得的异育银鲫转录组水平的遗传信息和维氏气单胞菌感染后的基因表达差异情况，为后续的解析异育银鲫对维氏气单胞菌感染的发病机制提供参考数据。

de novo测序和序列拼接结果显示共发现220 374个unigene，其中57 200条unigene来源于维氏气单胞菌，163 174条unigene来源于异育银鲫。通过对163 174条unigene进行GO注释和KEGG分析，发现这些unigene涉及异育银鲫的生长发育、环境适应及免疫等;KEGG分析结果也显示这些unigene参与重要的信号通路（如信号转导、先天免疫和后天免疫信号通路等），说明低等脊椎动物异育银鲫也具备完整的免疫系统。

嗜水气单胞菌（A.hydrophila）是水产养殖中最常见的且也是危害严重的病原体。目前，利用A.hydrophila感染各种鱼类研究宿主的免疫应答的研究较多，认识也比较的清晰。Song等[20]利用高通量测序技术比较了A.hydrophila感染和未感染的草鱼肠道组织中基因表达差异情况，共检测到315个上调表达基因和234个下调表达基因;在感染A.hydrophila的大黄鱼中，利用高通量测序技术共检测到727个基因表达上调和489个基因表达下调[21]。利用转录组测序技术检测温和气单胞菌（A.sobria）感染的鲤鱼，结果显示在感染的肌肉组织中共检测到7 749个DEGs，其中6 300个上调表达基因和1 449个下调表达基因;在脾脏组织中共检测到7 846个DEGs，其中5 111个上调表达基因和2 735个下调表达基因[22]。该研究中转录组测序维氏气单胞菌感染的异育银鲫肾脏组织，共发现11 567個DEGs，其中5 634个上调表达基因和5 933个下调表达基因。这些研究结果表明不同种类的鱼在细菌感染后，其基因转录模式发生了明显变化。Li等[23]利用转录组测序技术分析维氏气单胞菌感染非洲鲶鱼（Clarias gariepinus）后不同时间时相脾脏组织基因表达模式情况，共发现2 482个DEGs，其明显低于维氏气单胞菌感染异育银鲫中的DEGs数量，也说明不同种类的鱼对A.veronii感染的基因表达水平差异及应答反应存在明显不同。Maekawa等[24]利用不同种类的鱼感染不同种类的细菌，研究其基因表达差异，发现39个DEGS存在于所检测的加州鲈（Micropterus salmoides）、鲻（Mugil cephalus）、点带石斑鱼（Epinephelus coioides）和鲤鱼（Cyprinus carpio）中;不同鱼类中发现的总DEGs也存在显著差异，这些研究结果表明不同种类的鱼可能存在特定的免疫应答相关通路。

免疫相关基因irg1l、补体因子D和cfd（NM_001020532.1）在感染中参与应答反应。Hartig等[25]研究斑马鱼感染沙门氏菌1 h后就可检测到irg1l上调表达，表明该基因对沙门氏菌感染存在一定的迅速应答机制。补体因子D在宿主防御中起重要作用[26]。cfd在牙鲆的各组织中均有表达，感染病毒性出血性败血症病毒（VHSV）和海豚链球菌（Streptococcus iniae）后牙鲆肝脏、肾脏、脾脏中的cfd均表达上调升高[26]。该研究中irg1l在维氏气单胞菌感染肾脏组织后下调至0.006 8倍;cfd在维氏气单胞菌感染肾脏组织后上调9.885 1倍。因此，推测irg1l和cfd在异育银鲫免疫应答和防御过程中扮演重要角色。

为了能够了解异育银鲫对维氏气单胞菌感染的应答，将筛选出的DEGs进行富集分析。KEGG富集分析显示维氏气单胞菌感染后的上调表达基因主要富集于内质网中的蛋白质加工（protein processing in endoplasmic reticulum）、抗原加工和呈现（antigen processing and presentation）和雌激素信号通路（esterogen signaling pathway）等KEGG通路;下调表达基因富集通路主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用（cytokine-cytokine receptor interaction）、细胞黏附分子（cell adhesion molecules）和jak-STAT信号通路（jak-STAT signaling pathway）等KEGG通路，研究结果表明A.veronii感染异育银鲫后引起了强烈的免疫应答反应。Rodríguez等[27]利用转录组测序技术分析斑马鱼感染A.hydrophila后皮肤的应答模式，发现差异表达基因主要富集于MAPK、p53、Wnt、TGF-β、Notch、ErbB、JAK-STAT、VEGF、mTOR和钙信号等通路。维氏气单胞菌感染会的最主要的病理症状就是引起异育银鲫的全身性出血，推测其可能与VEGF信号通路相关。

綜上所述，笔者对异育银鲫感染维氏气单胞菌感染后的应答模式进行了分析，比较了异育银鲫对病原体感染的免疫应答模式，维氏气单胞菌感染异育银鲫中发现多个显著差异表达基因，这些基因参与了重要的信号通路，尤其是免疫信号通路。这些结果为探索异育银鲫对维氏气单胞菌的感染应答机制提供了线索，为细菌性出血性败血症综合防治奠定了理论基础。

参考文献

[1] 农业部渔业渔政管理局.2017中国渔业统计年鉴[M].北京：中国农业出版社，2017：25.

[2] LIU M，WU T，LI S，et al.Combined transcriptomic/proteomic analysis of crucian carp Carassius auratus gibelio in cyprinid herpesvirus 2 infection[J].Fish Shellfish Immunol，2018，82：386-399.

[3] GAO T M，CUI B J，KONG X，et al.Investigation of bacterial diversity and pathogen abundances in gibel carp（Carassius auratus gibelio）ponds during a cyprinid herpesvirus 2 outbreak[J].Microbiology open，2019，8（10）：1-16.

[4] XIA S Y，WANG H，HONG X P，et al.Identification and characterization of a type I interferon induced by cyprinid herpesvirus 2 infection in crucian carp Carassius auratus gibelio[J].Fish Shellfish Immunol，2018，76：35-40.

[5] SHI M J，HUANG R，DU F K，et al.RNA-seq profiles from grass carp tissues after reovirus （GCRV）infection based on singular and modular enrichment analyses[J].Mol Immunol，2014，61（1）：44-53.

[6] WU R H，SHENG X Z，TANG X Q，et al.Transcriptome analysis of flounder（Paralichthys olivaceus）gill in response to lymphocystis disease virus（LCDV）infection：Novel insights into fish defense mechanisms[J].International journal of molecular sciences，2018，19（1）：1-19.

[7] DETTLEFF P，MOEN T，SANTI N，et al.Transcriptomic analysis of spleen infected with infectious salmon anemia virus reveals distinct pattern of viral replication on resistant and susceptible Atlantic salmon（Salmo salar）[J].Fish Shellfish Immunol，2017，61：187-193.

[8] DIOS S，BALSEIRO P，COSTA M M，et al.The involvement of cholesterol in sepsis and tolerance to lipopolysaccharide highlighted by the transcriptome analysis of zebrafish（Danio rerio）[J].Zebrafish，2014，11（5）：421-433.

[9] GAO C B，FU Q，SU B F，et al.Transcriptomic profiling revealed the signatures of intestinal barrier alteration and pathogen entry in turbot（Scophthalmus maximus）following Vibrio anguillarum challenge[J].Dev Comp Immunol，2016，65：159-168.

[10] TRAN N T，GAO Z X，ZHAO H H，et al.Transcriptome analysis and microsatellite discovery in the blunt snout bream（Megalobrama amblycephala）after challenge with Aeromonas hydrophila[J].Fish Shellfish Immunol，2015，45（1）：72-82.

[11] KUMAR R，SAHOO P K，BARAT A.Transcriptome profiling and expression analysis of immune responsive genes in the liver of Golden mahseer（Tor putitora）challenged with Aeromonas hydrophila[J].Fish Shellfish Immunol，2017，67：655-666.

[12] ZHU R，LIU X X，LV X，et al.deciphering transcriptome profile of the yellow catfish（Pelteobagrus fulvidraco）in response to Edwardsiella ictaluri[J].Fish Shellfish Immunol，2017，70：593-608.

[13] GRABHERR M G，HAAS B J，YASSOUR M，et al.Trinity：Reconstructing a full-length transcriptome without a genome from RNA-Seq data[J].Nature biotechnology，2011，29（7）：644-652.

[14] PERTEA G，HUANG X Q，LIANG F，et al.TIGR Gene Indices clustering tools（TGICL）：A software system for fast clustering of large EST datasets[J].Bioinformatics，2003，19（5）：651-652.

[15] LANGMEAD B，SALZBERG S L.Fast gapped-read alignment with Bowtie 2[J].Nature methods，2012，9（4）：357-359.

[16] ROBERTS A，PACHTER L.Streaming fragment assignment for real-time analysis of sequencing experiments[J].Nature methods，2013，10（1）：71-73.

[17] TRAPNELL C，WILLIAMS B A，PERTEA G，et al.Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation[J].Nature biotechnology，2010，28（5）：511-515.

[18] ANDERS S，HUBER W.Differential expression of RNA-Seq data at the gene level-the DESeq package[M].Heidelberg：European Molecular Biology Laboratory，2012.

[19] KANEHISA M，ARAKI M，GOTO S，et al.KEGG for linking genomes to life and the environment[J].Nucleic acids research，2008，36：D480-D484.

[20] SONG X H，HU X L，SUN B Y，et al.A transcriptome analysis focusing on inflammation-related genes of grass carp intestines following infection with Aeromonas hydrophila[J].Scientific reports，2017，7：1-12.

[21] MU Y N，DING F，CUI P，et al.Transcriptome and expression profiling analysis revealed changes of multiple signaling pathways involved in immunity in the large yellow croaker during Aeromonas hydrophila infection[J].BMC Genomics，2010，11（1）：1-14.

[22] OMKAR B，YAO-CHUNG C，SHUN M，et al.Immune-related functional differential gene expression in koi carp（Cyprinus carpio）after challenge with Aeromonas sobria[J].International journal of molecular sciences，2018，19（7）：1-15.

[23] LI Z Z，WANG X M，CHEN C X，et al.Transcriptome profiles in the spleen of African catfish（Clarias gariepinus）challenged with Aeromonas veronii[J].Fish & shellfish immunology，2019， 86：858-867.

[24] MAEKAWA S，WANG P C，CHEN S C.Comparative study of immune reaction against bacterial infection from transcriptome analysis[J/OL].Frontiers in immunology，2019，10：153[2020-04-13].https：∥doi.org/10.3389.fimmu.2019.00153.

[25] HARTIG E I，ZHU S S，KING B L，et al.Cortisol-treated zebrafish embryos develop into pro-inflammatory adults with aberrant immune gene regulation[J].Biology open，2016，5（8）：1134-1141.

[26] HARBOE M，ULVUND G，VIEN L，et al.The quantitative role of alternative pathway amplification in classical pathway induced terminal complement activation[J].Clinical and experimental immunology，2004，138（3）：439-446.

[27] RODRGUEZ I，NOVOA B，FIGUERAS A.Immune response of zebrafish（Danio rerio）against a newly isolated bacterial pathogen Aeromonas hydrophila[J].Fish Shellfish Immunol，2008，25（3）：239-249.

基金項目 苏州大学第六届“互联网+”大学生创新创业项目;苏州大学第十一届“苏大天宫杯”“创青春”大学生创业项目。

作者简介 施秀（1999—），女， 江苏南通人，研究方向：基因表达调控。*通信作者，副教授，博士，硕士生导师，从事基因表达与调控机制研究。

收稿日期 2020-07-09;修回日期 2020-07-24