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贵州高原山地野生西南红山茶ISSR遗传多样性分析

2020-12-05

种子 2020年11期
关键词:山茶条带等位基因

(贵州省林业科学研究院, 贵阳 550005)

西南红山茶(Camelliapitardii)是山茶科(Theaceae)山茶属(Camellia)植物,生于海拔1 000~2 400 m的林下、林缘或灌丛中。在贵州西部至中部、四川西南部至南部、云南南部至东南部、广西北部、湖南西部和湖北西部均有分布。贵州盘州市是西南红山茶的主要分布区,现有集中成片分布的野生林分约2 000 hm2。西南红山茶树型美观,花朵美丽,是一种优良的园林绿化树种[1,2];西南红山茶籽油的脂肪酸组成与普通油茶籽油无差异,平均果油率9.2%,种仁含油率49.3%,不饱和脂肪酸含量87.29%,是贵州西部高海拔地区发展油茶产业的首选树种[3]。目前,西南红山茶的研究主要集中在脂肪酸组成、种质资源收集、表型性状变异及优良单株选择[4,5]等方面。ISSR(inter-simple sequence repeat)标记技术具有稳定性高、重复性好,操作简单等优点,已被广泛应用于遗传多样性分析、品种鉴定及亲缘关系分析、基因定位和分子标记辅助选择等方面[6-8]。桂腾琴等[9]对影响ISSR-PCR扩增的因子进行优化设计,建立了荷花品种的ISSR-PCR最佳扩增体系;曾惠敏等[10]利用ISSR分子标记,分析了八仙花的遗传多样;西南红山茶多处于野生状态,天然杂交形成了丰富的变异类型,本研究对>贵州西南红山茶自然分布的6个野生居群的37个单株进行ISSR分子遗传多样性分析,为野生西南红山茶的合理开发和有效利用提供科学依据和参考。

表1 采样地点及编号

图1 856号引物琼脂糖凝胶电泳图

1 材料与方法

1.1 材料来源

材料来源于西南红山茶自然分布的盘州市、威宁等地,每个居群随机选取2~12株长势健壮、无病虫害的植株,采集叶片放于-80 ℃冰箱中保存备用。供试材料编号及采集地详见表1。

1.2 实验方法

1.2.1总DNA的提取

西南红山茶的DNA采用北京索莱宝公司植物基因组DNA试剂盒提取,DNA提取、纯化后用1%的琼脂糖凝胶电泳检测DNA的浓度及纯度。用1×TE溶液稀释至100 ng·μL-1后置于-20 ℃冰箱保存。

1.2.2ISSR-PCR 反应体系的建立

从合成的100条引物中筛选出6条多态性好的引物进行PCR扩增,并对反应条件进行优化,建立西南红山茶ISSR-PCR最佳扩增体系,西南红山茶ISSR-PCR扩增的引物由上海生工生物有限公司合成。

1.2.3PCR扩增产物的检测及条带统计

PCR产物用2.0%的琼脂糖凝胶电泳进行检测并拍照。

1.2.4条带统计及数据处理方法

ISSR为显性标记,同一引物扩增产物中电泳迁移率一致的条带具有同源性[11]。根据电泳结果进行条带统计,同一位置强带和弱带均记为1,无记为 0,利用Popgene 32 软件分别计算平均观察等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s遗传多样性指数(H)和Shannon 多样性指数(I)等[12]。

2 结果与分析

2.1 ISSR-PCR扩增体系的建立

利用4个不同种源的西南红山茶DNA对引物进行筛选,最终筛选出6条多态性高、稳定性好的引物分别对37个西南红山茶的DNA进行扩增,经优化后的西南红山茶ISSR-PCR 反应体系为:ISSR-PCR 反应总体积为20 μL,其中DNA 模板2 μL(约200 ng),引物2 μL(10 μmol),2×Mix(10 μL),ddH2O 6 μL。反应程序为 94 ℃预变性5 min,然后94 ℃30 s,52 ℃退火40 s,72 ℃延伸80 s,共35个循环,72 ℃延伸10 min,最后4 ℃保存,PCR产物经2.0%的琼脂糖凝胶电泳检测,扩增结果如图1所示。

2.2 西南红山茶ISSR扩增结果

从表1可以看出,用于西南红山茶ISSR扩增的引物多态性高,共扩增出条带89条,其中多态性条带82条,多态性比例为92.13%,8条引物扩增的条带数为12~18条,其中引物827扩增的条带最多;多态性条带为11~18条,平均为13.7条,其中引物827和引物845多态性最高,多态性比例达100%,扩增的条带片段大小集中在300~900 bp之间。

2.3 西南红山茶遗传多样性分析

利用 Popgene 32 软件对6个野生西南红山茶群体37个单株进行遗传多样性分析,结果表明,37个单株的平均观察等位基因数(Na)为1.921 3,平均有效等位基因数(Ne)为1.501 2,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.296 2,Shannon信息指数(I)为0.447 7,说明西南红山茶单株间遗传多样性高,变异丰富。

2.4 西南红山茶亲缘关系分析

根据ISSR扩增结果对6个野生西南红山茶居群的遗传相似性进行分析,结果(表2)表明,6个居群的野生西南红山茶的遗传相似系数为0.705 9~0.936 7,遗传距离为0.065 4~0.384 2,其中威宁和清镇居群的西南红山茶遗传相似系数最低,为0.705 9;盘州市野生居群和毕节遗传相似系数最高,达0.936 7;遗传距离最小为0.065 4,由于居群1的分布点盘州市和居群2的分布点水城地理位置相近,气候特征相似,导致2个居群的野生西南红山茶相似性最大。

表2 不同引物的扩增结果

表3 遗传相似度和遗传距离

3 结论与讨论

目前,分子标记已广泛应用于山茶属植物的遗传多样性分析、品种鉴定、文库构建及重要基因的挖掘[13],彭继庆等[14]构建了博白大果油茶的ISSR-PCR反应体系;宋倩倩等[15]利用ISSR分子标记对福建省浙江红花油茶遗传多样性进行了分析。本研究通过构建西南红山茶ISSR-PCR扩增体系,对贵州省6个居群37个西南红山茶单株进行遗传多样性分析,结果表明,37个野生西南红山茶多态性丰富、遗传多样性高;6条引物共扩增出89个条带,其中多态性条带82条,多态性位点百分率为92.13%;平均观察等位基因数(Na)为1.921 3,平均有效等位基因数(Ne)为1.501 2,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.296 2,Shannon信息指数(I)为0.447 7,说明贵州野生西南红山茶变异丰富。李芳等研究表明,西南红山果花的性状变异丰富[2];李彦福等对西南红山茶果实性状进行分析发现,西南红山茶单株在果高、果径、果皮厚度、籽粒数、脂肪酸成分及含量等性状间存在极显著差异[5],为西南红山茶的选育提供了丰富的材料。ISSR-PCR扩增从分子水平揭示了西南红山茶的遗传多样性。从遗传相似系数和遗传距离可以看出,野生西南红山茶居群内遗传相似系数大,居群间相似度高,贵州省野生西南红山茶的遗传距离与实际的地理距离关系显著,说明西南红山茶的遗传变异受环境因素影响较大。由于分布区内海拔高差大,气候多样,形成了丰富的自然变异,为西南红山茶的选育奠定了丰富的物种基础;西南红山茶是高海拔地区重要的木本油料树种,本研究分析了贵州省西南红山茶的遗传多样性及亲缘关系,为西南红山茶种质资源的开发及品种配置提供了理论依据。

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