APP下载

细胞焦亡相关文献计量学分析

2020-10-14李盼马莉张欣桐刘景卓马德胜

解放军医学杂志 2020年8期

李盼,马莉,张欣桐,刘景卓,马德胜

兰州大学第二医院急危重症科,兰州 730030

细胞焦亡是一种伴随炎症反应的细胞程序性死亡。机体在遭受外界刺激时,细胞可通过一系列机制启动焦亡,导致其自身肿胀而出现细胞膜破裂,细胞内容物溢出,细胞自身死亡,同时损伤部位发生炎症反应。“焦亡”一词于2001年被提出[1]。目前认为焦亡的发生机制包括依赖caspase-1的经典凋亡途径和非依赖caspase-1的途径。机体在遭遇外界刺激(如伤害、毒物、缺氧、病原体等)时,细胞识别病原体相关分子模式(PAMPs)和损伤相关分子模式(DAMPs)两种损伤类型后,引起炎性小体形成,后者进一步参与caspase-1的激活,引起炎性因子的释放和细胞破裂信号通路的启动,最终引发焦 亡[2-4]。焦亡是细胞抵抗外界损害的一种自我保护方式,但过度激活会导致机体损伤,出现脓毒症休克[5-6]。焦亡亦与动脉粥样硬化、痛风、阿尔兹海默病及肌萎缩的发生密切相关。本研究运用文献计量学、可视化等方法对焦亡相关研究进行系统整理,以期为相关研究的开展提供参考和借鉴。

1 资料与方法

1.1 数据来源 在Web of Science文献检索平台,选择Web of Science核心合集,检索主题词为焦亡;时间跨度为2009-2019年。共检索到1398篇文献,文章类型涉及论著、综述及会议摘要等,涉及的领域包括免疫学和细胞生物学等学科。为了尽可能全面地分析焦亡,未对作者、国家、机构和是否有基金支持等进行限制。

1.2 方法 采用CiteSpace软件[7-8]进行数据分析,设置时间范围为2009-2019年,切片设置为1,将分析节点类型分别设置为关键词和作者等,数据抽取对象设置为40,选择关键路径算法(Pathfinder)。

2 结 果

2.1 每年度发表文献 2009-2019年每年度发表文献数量如图1所示,全球焦亡相关文献数量随着年份的推移而日趋增多,2009年1月-2019年7月年度发文量呈指数增长,2009年发文量为18篇,2018年为300多篇。2017-2018年出现了最大幅度的 增长。

图1 焦亡相关文献年份分布(2009-2019年)Fig.1 Annual publications of pyroptosis-relevant literature (2009-2019)

2.2 国家与机构合作网络 统计结果显示,2009-2019年发表的1398篇焦亡相关文献分别来自不同的国家和机构,如图2所示,发文量排在前4位的国家分别是美国(607)、中国(385)、德国(100)和澳大利亚(78)。将2009-2019年发表的1398篇焦亡相关文献加载至CiteSpace软件生成机构合作网络,如图3所示,其节点数N=186,连线数E=261,发文量排在前3位的机构分别是St Jude Childrens Res Hosp(42)、Univ Ghent(37)、Univ Melbourne(33),其中与其他机构合作最紧密的是Univ Ghent,各大机构分布较散,机构与机构间合作不是十分紧密。

2.3 期刊双图叠加分析 将2009-2019年发表的1398篇焦亡相关文献加载至CiteSpace软件生成期刊双图叠加图,如图4所示,曲线的大部分引用集中于黄色引用链接部分,且当使用CiteSpace软件的Z scores功能后得到一条最粗的黄色引用链接(表示分子学、生物学和免疫学)。

图2 发表焦亡相关文献数量最多的7个国家Fig.2 The top 7 countries contributed the largest number of publications of pyroptosis-relevant literature

图3 参与焦亡研究的机构合作网络图谱(2009-2019年)Fig.3 Network atlas of the institutions involved in pyroptosis research (2009-2019)

图4 发表焦亡相关文献的期刊双图叠加图(2009-2019年)Fig.4 Double graph overlay of journals publishing pyroptosis-relevant literature (2009-2019)

2.4 作者共引分析 将2009-2019年发表的1398篇焦亡相关文献加载至CiteSpace软件生成作者共被引图谱,如图5所示,Kayagaki N发表的文章被引用频次最高,其次为Miao EA、Shi JJ、Lamkanfi M和Fink SL。截至2019年7月,Kayagaki N在焦亡方面的研究已被引470余次(图6)。

2.5 文献共引分析 将2009-2019年发表的1398篇焦亡相关文献加载至CiteSpace软件生成文献共引网络图谱,最大节点数N=166,连线数E=183,如图7所示,共被引次数最多的3篇文献分别出自Shi JJ与Kayagaki N,表明两位作者的3篇研究的学术价值被大家高度认可。

图5 发表焦亡相关文献作者共被引图谱(2009-2019年) Fig.5 Atlas of authors with co-cited articles of pyroptosis-relevant literature (2009-2019)

图6 发表焦亡相关文献被引频次最多的5名作者Fig.6 The top 5 authors publishing articles with the highest citation frequency

2.6 关键词共引与关键词时序图分析 将2009-2 0 1 9 年间发表的1 3 9 8 篇焦亡相关文献加载至CiteSpace软件生成关键词时序图,如图8所示,共计得到149个关键词节点、224条关键词连线。按照关键词出现频次进一步分析显示,出现频次前5位的焦亡相关关键词为细胞死亡(cell death,355)、凋亡(apoptosis,313)、激活(activation,298)、炎性小体(inflammasome,243)、NLRP3炎性小体(NLRP3 inflammasome,237,图9)。

2.7 关键词最强引用爆发分析 采用CiteSpace软件绘制具有最强引用爆发的前15个关键词,如表1 所示,2009年开始爆发的关键词为炭疽致死毒素(anthrax lethal toxin),爆发强度为7.5551,终止年份为2015年。其次为Toll样受体(Toll like receptor)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor)、caspase-1激活(caspase-1 activation)等。上述关键词在维持平均5年的热度后被其他关键词替代,体现了不同时期科研人员关注点的改变。

2.8 聚类分析 将2009-2019年发表的1398篇焦亡相关文献加载至CiteSpace软件生成聚类分析图,如图10所示,Q=0.802,S值=0.3283。

图7 焦亡相关文献共引网络图谱(2009-2019年) Fig.7 Network atlas of co-cited pyroptosis-relevant literature (2009-2019)

图8 焦亡相关文献关键词时序图(2009-2019年)Fig.8 Sequence diagram of keywords of pyroptosis-relevant literature (2009-2019)

图9 出现频次前10位的焦亡相关关键词Fig.9 The top 10 keywords related to pyroptosis

表1 最强引用爆发的前15个关键词Tab.1 The top 15 keywords with the strongest citation bursts

图10 焦亡相关文献聚类分析图(2009-2019年)Fig.10 Cluster analysis of pyroptosis-relevant literature (2009-2019)

3 讨 论

3.1 一般数据 随着时间的推移,全球科研人员对于焦亡的关注度越来越高,特别是在2018年,Galluzzi等[9]发表的一篇文献入选了Molecular Biology & Genetics学术领域中最优秀的0.1%之列而成为2009-2019年唯一一篇热点论文。由此推测,2020年的年度发文量可达500多篇甚至可能突破600篇,这将使研究者对于焦亡有着更加全面与深入的了解。

国家的发文量在一定程度上反映了该国的科研能力与现状。本研究发现,发达国家整体上较发展中国家在焦亡方面有着更深入的研究,而国与国之间联系较少,可能是由于焦亡这个新兴的研究点正处于起点状态,日后随着对焦亡的深入研究,这种暂时的缺陷将会得到一定的弥补。

期刊双图叠加图左边的图表示引用期刊,右边的图表示被引期刊,两期刊间的彩色线条表示从引用期刊到被引期刊的联系,每个期刊的研究领域不同[10]。本研究结果显示,焦亡相关文献被引频次较高的文章主要分布在分子学、生物学或免疫学领域,表明现阶段焦亡尚处于基础研究阶段,未来需注重其临床研究。

3.2 共引数据 结合作者共引分析,并检索Web of Science核心合集发现,被引频次最高的作者为Kayagaki N,该作者的一篇文章[11]被引频次最高,该文章对caspase-11在先天性免疫中的独立促炎作用进行了研究。而极高的被引频次也表明了该作者对焦亡研究做出了极大贡献。

近年来焦亡相关研究中被引用次数最多的研究阐明了gasdermin家族成员与炎性caspases家族在焦亡发生过程中的具体作用及相互影响[12]。截至2019年底,该文在Web of Science中的引用频次达614次,表明其贡献与价值较高。

一般情况下,聚类分析中的Q值为0~1,若研究结论Q>0.3,说明研究划分出的集群结构是显著的,Q越大代表越显著。S值是衡量网络同质性的指标,越接近于1表明网络的同质性越好,即每个聚类均具有较高的可信度[13]。由此,本研究划分的集群结构十分显著,而同质性一般,聚类的可信度值得商榷。

3.3 研究前沿 关键词有利于研究者对热点的把握[14]。利用CiteSpace软件绘制出的关键词图谱中一个词的色环直径越大,越能支持其在众多关键词中的重要程度[15]。本研究发现,细胞死亡(cell death)和凋亡(apoptosis)是焦亡研究过程中相关性最大的两个关键词,近年来关于焦亡与凋亡及其他细胞死亡方式的对比研究越来越多,而其他关键词如炎性小体(inflammasome)与NLRP3炎性小体(NLRP3 inflammasome),则是从发生机制出发来研究焦亡。已知焦亡发生是通过NLRP3炎性小体触发的下游信号分子激活来完成的,寻找其靶点将成为未来研究的一个趋势。

综上所述,世界各国对焦亡的研究都做出了一定贡献,且每个国家的年度发文数量均呈快速增长趋势,各国机构之间联系最紧密的是美国的各大机构。焦亡的热门研究学科更加清晰明确。本研究结果显示,在焦亡领域贡献最大和能提供极大价值的作者为Kayagaki N,细胞死亡(cell death)、凋亡(apoptosis)和激活(activation)是研究人员的关注热点,亦是焦亡研究的核心。而围绕这三个热点问题,可分支出其他研究点,如细胞内控制焦亡的上游与下游信号分子,这为焦亡的后续研究和未来课题的选择提供了参考。

本研究具有一定的局限性,如纳入文献的发表时间为2009-2019年,而焦亡这一概念最早于2001年被提出,存在相关研究点被遗漏的可能。其次,纳入的文献基本为英文文献,而国内对焦亡的研究热度只增不减,数据不全将导致结论分析不全面。这是后续研究需要关注的问题。