基于KM-plotter分析STAT家族基因表达对乳腺癌预后价值
2020-09-21胡剑王伟周娟
胡 剑 王 伟 周 娟
在中国,2015年全国新增女性乳腺癌患者已达30.4万,发病率45.29/10万,标化率31.54/10万,位居女性恶性肿瘤的首位[1],其防控形势不容 乐 观。STAT家 族 蛋 白 包 含STAT1、STAT2、STAT3、STAT4、STAT5A、STAT5B和STAT6这7个成员[2],STAT家族参与到乳腺发育和乳腺肿瘤发生过程中[3]。使用KM-plotter在线数据库[4],分析STAT家族7个成员的表达状况与乳腺癌患者预后的相关性,探究STAT家族基因表达对乳腺癌的预后价值,为乳腺癌治疗提供参考。
1 材料与方法
1.1 材料 Kaplan-Meier plotter(KM-plotter)是一个公开的在线生存分析网站[5],其数据来源于GEO,EGA和TCGA。目前共收录了21种癌症的54000多个基因表达及相关的生存数据,其中,最大的数据集包括乳腺癌(6234例患者数据)、卵巢癌(2190例患者数据)、肺癌(3452例患者数据)和胃癌(1440例患者数据),相关数据被广泛用于分析个体基因对癌症的临床影响[6~8]。
1.2 方法 在KM-plotter在线分析网站,分别输入7个STAT家族基因,根据其基因表达的中位数将患者样品分为两组,分别在选择不同的临床病理参数(ER、PR、HER-2、淋巴结转移情况、TP53和luminal分型),对其进行总生存期(OS)分析,获得包含HR(风险系数)、95%置信区间(95%CI)和P值存图,其中P<0.05被认为具有统计学意义,最后根据所得数据使用Graphpad软件绘制STAT家族7基因表达与OS相关性的森林图。
2 结 果
2.1 乳腺癌患者STAT家族基因表达与总生存的相关性 使用数据库中有OS随访结果的乳腺癌患者(1402例)数据,进行STAT家族基因表达生存相关性分析,结果表明STAT家族中有5个成员与乳腺癌的预后有显著相关性,包括STAT3(HR=0.68,95%CI=0.49-0.93,P=0.014)、STAT4(HR=0.79,95%CI=0.64~0.98,P=0.035)、STAT5A(HR=0.67,95%CI=0.54~0.83,P=0.00024)、STAT5B(HR=0.62,95%CI=0.5~0.77,P=0.00741)和STAT6(HR=0.73,95%CI=0.59~0.91,P=0.0043),提示STAT家族的这5个成员的高转录水平与乳腺癌的良好预后相关。
2.2 STAT家族基因表达在不同乳腺癌分子分型中的预后价值评估 依据分子分型,乳腺癌可分为Lumina A、Luminal B、HER-2过 表达型和三阴性乳腺癌四型。……
