赵利楠，王娜，杨国良，苏现斌，韩泽广

技术与方法

基于单细胞靶向测序探究基因碱基突变的方法

赵利楠1，王娜1，杨国良2，苏现斌1，韩泽广1

1. 上海交通大学，系统生物医学研究院，系统生物医学教育部重点实验室，上海 200240 2. 上海交通大学医学院附属仁济医院泌尿科，上海 200127

分析基因碱基突变是探究肿瘤细胞克隆演化的研究方法之一。目前，常取组织不同区域的群体细胞测序，基于群体水平的基因碱基突变频率等信息绘制出肿瘤的克隆演化过程。但是，该方法易遗失低频突变，并且组织群体细胞类型不单一，不能代表特定细胞群体的克隆演化过程。本研究以前列腺基底细胞癌(prostate basal cell carcinoma, BCC)为例，建立了一种探究肿瘤单细胞的基因碱基突变方法，实现了基于单细胞基因碱基突变分析肿瘤细胞的克隆演化过程。首先通过HepG2细胞优化了单细胞全基因组扩增方法，其次用Fluidigm公司的微流控芯片捕获BCC单细胞进行全基因组扩增，然后通过外显子组测序获得和基因碱基突变信息。通过单细胞靶向扩增和Sanger测序，成功在BCC单细胞中检测到和基因碱基突变信息。本研究建立的方法为肿瘤细胞的克隆演化研究提供了一种可靠的技术方案。

肿瘤细胞；基因碱基突变；克隆演化；单细胞

肿瘤组织内部除了含有血管、基质细胞和浸润的免疫细胞外，还包含具有不同遗传变异的肿瘤细胞，故而肿瘤是一种高度异质性的疾病[1,2]。此外，肿瘤在形成过程中，其内部的肿瘤细胞因含有不同的突变组合而形成不同的亚克隆群体，且克隆群体会不断进化以适应环境[3]。……