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香蕉枯萎病拮抗菌GKT04产生的脂肽类抗生素的分离和鉴定

2020-07-07田丹丹周维李朝生韦弟覃柳燕黄素梅韦莉萍龙盛风何章飞韦绍龙

南方农业学报 2020年5期
关键词:枯萎病芽孢组分

田丹丹 周维 李朝生 韦弟 覃柳燕 黄素梅 韦莉萍 龙盛风 何章飞 韦绍龙

摘要:【目的】對香蕉枯萎病拮抗菌GKT04发酵上清液中的脂肽类抗生素进行分离,分析其抑菌活性相关成分,为揭示菌株GKT04的抑菌机理及应用该菌株防控香蕉枯萎病提供理论依据。【方法】以解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amy-loliquefaciens)GKT04、香蕉枯萎病菌4号生理小种(Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4,FOC4)和桂蕉1号为试验材料,利用特异性引物对菌株GKT04中ituA、ituB、ituC、ituD、fenA、fenB、sfp、srfA、bmyA、bmyB和bmyC脂肽类抗生素合成相关基因进行检测;利用盐酸沉淀、甲醇抽提等步骤得到菌株GKT04发酵上清液中的脂肽类抗生素,利用高效液相色谱(HPLC)对脂肽类抗生素进行分离,对收集的洗脱峰组分进行体外抑制致病菌FOC4效果试验,对抑菌活性较强的组分进行基质协助激光解吸附离子化—飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析。【结果】菌株GKT04脂肽类抗生素粗提物对香蕉枯萎病致病菌FOC4的抑菌圈直径为24 mm,盆栽防控效果与对照相比病情指数降低了78.31%;PCR扩增显示菌株GKT04含有ituA、ituC、ituD、fenA、fenB、srfA、bmyA和bmyB基因,而ituB、sfp和bmyC未扩增出;菌株GKT04脂肽类抗生素粗提物经HPLC分离后共收集到4个组分P1、P2、P3和P4,其中组分P1和组分P3对致病菌FOC4的抑菌效果较好,抑菌圈直径分别为18和15 mm;经MALDI-TOF-MS质谱分析,组分P1和组分P3分别为脂肽类抗生素fengycins和bacillomycin D。【结论】解淀粉芽孢杆菌GKT04产生fengycins和bacillomycin D两类脂肽类抗生素。

关键词: 香蕉枯萎病;解淀粉芽孢杆菌GKT04;脂肽类抗生素;分离;鉴定

中图分类号: S668.1                            文献标志码: A 文章编号:2095-1191(2020)05-1122-06

Abstract:【Objective】The lipopeptide antibiotics were isolated from the supernatant of fermented broth of Bacillus amyloliquefaciens GKT04 antagonistic to banana fusarium wilt, analysis of the antifungal activity was conducted for theoretical foundation for revealing the bacteriostasis mechanism of strain GKT04 and control of banana fusarium wilt with strain GKT04. 【Method】B. amyloliquefaciens GKT04, Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4(FOC4) and Guijiao No.1 were used as materials. Eleven primers designed based on the known lipopeptides genes ituA, ituB, ituC, ituD, fenA, fenB, sfp, srfA, bmyA, bmyB and bmyC were used to amplify the corresponding genes from the genome of GKT04 strain. The crude lipopeptides extracts were extracted by acid precipitation and methanol from strain GKT04 fermentation supernatant, the extract was separated by high performance liquid chromatography(HPLC), and antifungal activity test in vitro on FOC4 of the elution peak components collected was carried out. The components with antimicrobial activity were identified by matrix-assisted laser-desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry(MALDI-TOF-MS) techniques. 【Result】The crude extract of strain GKT04s lipopetide antibiotics inhibited the growth of FOC4, and the diameter was 24 mm. Pot experiments indicated that the disease index of banana seedlings reduced by 78.31% compared with the control. PCR amplification test results showed that GKT04 strain was able to amplify the ituA, ituC, ituD, fenA, fenB, srfA, bmyA and bmyB synthesis genes, but failed to amplify the ituB, sfp and bmyC synthesis genes. Four components(P1, P2, P3 and P4) were collected by HPLC from GKT04 lipopeptide antibiotic crude extract, P1 and P3 exhibited better antimicrobial activity to pathogenic bacteria FOC4  with inhibition zone diameters of 18 and 15 mm respectively. P1 was lipopeptide antibiotic fengycins and P3 was lipopeptide antibiotic bacillomycin D detected by MALDI-TOF-MS analysis. 【Conclusion】The lipopeptide antibiotics produced by Bacillus amyloliquefaciens GKT04 are fengycins and bacillomycin D.

Key words:banana fusariumwilt; Bacillus amyloliquefaciens GKT04; lipopetide antibiotic; isolation; identification

Foundation item: National Key Research and Development Program(2017YFD0202105-04); Guang-xi Natural Scien-ce Foundation for Youth(2017GXNSFBA198219);Guangxi Innovation Driven Development Project(Guike AA181180 28-3);Guangxi Key Research and Development Project (Guike AB19245026)

0 引言

【研究意义】香蕉枯萎病是由尖孢镰刀菌古巴专化型(Fusarium oxysporum f. sp. cubeuse,Foc)侵染香蕉植株而导致植株维管束坏死的土传真菌病害。利用微生物及其代谢产物抑制土传真菌病害是目前研究的重点。研究表明,芽孢杆菌及其产生的抑菌物质能有效抑制植物病原真菌的生长(王帅,2009;宋莉莎等,2019;张忠良等,2019),在植物病害的生物防治中具有重要作用。因此,对芽孢杆菌产生的抑菌物质进行分类和鉴别,为了解其抑菌机理及利用其更好地对病害进行生物防治均具有重要意义。【前人研究进展】脂肽类抗生素是芽孢杆菌非核糖体途径合成的抑制病原真菌生长的主要抑菌物质(Tsuge et al.,2001;Romero et al.,2007;Zeriouh et al.,2011),主要包括伊枯草素家簇iturins(iturin A、iturin B、iturin C、iturin D和iturin E;bacillomycin D、bacillomycin F和bacillomycin L;mycosubtilin)、泛革素家簇fengycins(fengycin A和fengycin B)、表面活性素家簇surfactins和一些结构未知的环肽抗生素(Ongena and Jacques,2008)。iturins主要通过破坏真菌细胞壁和细胞膜来抑制真菌生长,其中iturin A的应用最广泛。iturin A合成酶操纵子有4个开放性阅读框,分别编码催化酶ituA、ituB、ituC和ituD。fengycins对丝状真菌具有强烈的抑制作用,其抑菌机理与iturins相似。编码fengycins合成的fen操纵子由fenA、fenB、fenC、fenD和fenE 5个基因组成。surfactins虽然对真菌的抗性较弱,但可增强生防菌的定殖和诱导植物抗性。Ongena等(2007)发现枯草芽孢杆菌S499分泌的surfactins和fengycins协同作用诱导植物产生系统抗性。surfactins合成酶由srfAA、srfAB、srfAC和srfAD 4个亚基组成,由srfA操纵子编码。张荣胜等(2013)发现解淀粉芽孢杆菌Lx-11产生的脂肽类抗生素为surfactin、fengycin和bacillomycin D。刘宇帅等(2018)利用基质协助激光解吸附离子化—飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析鉴定解淀粉芽孢杆菌TF28产生的脂肽类物质,并发现fengycins对尖孢镰刀菌和禾谷镰刀菌具有较强的抑制活性。张学雯等(2019)利用高效液相色谱—电喷雾飞行时间质谱联用分析(HPLC-ESI-MS)法将解淀粉芽孢杆菌B10-6-1产生的脂肽类抗生素鉴定为C14bacillocnycin D和C15bacillocnycin D。【本研究切入点】菌株GKT04是从香蕉根部分离获得的一株内生解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens),该菌株及其发酵上清液对香蕉枯萎病菌4号生理小种(FOC4)具有较强的抑制活性(田丹丹等,2018),但其抑菌机理目前尚不明确。【拟解决的关键问题】利用特异性引物对菌株GKT04中ituA、ituB、ituC、ituD、fenA、fenB、sfp、srfA、bmyA、bmyB和bmyC脂肽类抗生素合成相关基因进行检测;利用盐酸沉淀、甲醇抽提等步骤得到菌株GKT04发酵上清液中的脂肽类抗生素,利用高效液相色谱(HPLC)对脂肽类抗生素进行分离,对收集的洗脱峰组分进行体外抑制FOC4效果试验,并对抑菌活性较强的组分进行MALDI-TOF-MS检测分析,从而实现对菌株GKT04產生的脂肽类抗生素进行分离纯化及鉴定,明确该菌株产生的脂肽类抗生素种类,为揭示该菌株的抑菌机理及香蕉枯萎病防控提供理论依据。

1 材料与方法

1. 1 试验材料

解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)GKT04由广西农业科学院生物技术研究所香蕉遗传改良研究室筛选并保藏;香蕉枯萎病菌4号生理小种(F. oxysporum f. sp. cubense race 4,FOC4)由广西农业科学院生物技术研究所香蕉遗传改良研究室分离并保藏;桂蕉1号(广西香蕉常规主栽品种)由广西农业科学院生物技术研究所提供。

1. 2 试验方法

1. 2. 1 脂肽类抗生素粗提物的制备 将平板上的菌株GKT04用接种环转接到装有10 mL LB培养基的小瓶中,30 ℃、180 r/min摇床培养9~15 h。按1%的接种量再转接到100 mL新鲜的LB液体培养基中,30 ℃、180 r/min摇床培养48 h。4 ℃下6000 r/min离心20 min除去菌体。上清液中加入6 mol/L盐酸调节pH至2.0~2.5,边加盐酸边轻微搅拌,于4 ℃冰箱过夜,8000 r/min离心30 min,收集沉淀。沉淀干燥后向每管沉淀中加入0.5 mL pH 7.0的甲醇,混匀后萃取4~8 h,然后8000 r/min、4 ℃离心30 min,取上清液。同样方法萃取2次,合并上清液用0.22 μm滤膜过滤,-20 ℃保存备用。

1. 2. 2 脂肽类抗生素粗提物对香蕉枯萎病致病菌的抑菌效果 用无菌水将致病菌FOC4的菌落洗脱,得到孢子液。用无菌水将孢子液稀释至105 CFU/mL。按1%的接种量将FOC4孢子液混合到PDA培养基中倒平板。牛津杯插入平板中央,向牛津杯中加入200 μL脂肽类抗生素粗提物,30 ℃恒温培养3~5 d后,观察抑菌效果,测定抑菌圈直径。每处理重复3次。

1. 2. 3 脂肽类抗生素粗提物对香蕉枯萎病致病菌的盆栽防控效果 用1.2.1的方法制备菌株GKT04脂肽类抗生素粗提物。选取长势一致的香蕉砂培幼苗(5~6片叶子)种植于营养杯中,采用灌根法接种菌株GKT04脂肽类抗生素粗提物20 mL,以接种空白LB培养基为对照,7 d后伤根,淋孢子悬浮液浓度为5×106 CFU/mL的致病菌FOC4菌液20 mL。每处理10株,重复3次。50 d后调查植株发病情况。香蕉苗期枯萎病分级参考黄素梅等(2019)的方法。按以下公式计算病情指数和防治效果。

病情指数=[∑(各级发病数×相对级数值)供试植株总数×最高病级]×100

防治效果(%)=(清水对照病情指数-处理病情

指数)/清水对照病情指数×100

1. 2. 4 合成脂肽类抗生素相关基因的克隆检测

设计扩增ituA、ituB、ituC、ituD、fenA、fenB、sfp、srfA、bmyA、bmyB和bmyC基因的引物序列(表1),以菌株GKT04基因组DNA为模板进行PCR扩增。PCR扩增产物送生工生物工程(上海)股份有限公司进行测序。

1. 2. 5 脂肽类抗生素的HPLC分离 利用Agilent HPLC-1100将脂肽类抗生素样品注入C18柱(赛默飞色谱柱,4.6 mm×250 mm,0.5 mm),VWD紫外检测器,流速1 mL/min,波长214 nm,流动相:乙腈(10 mmol/L)∶醋酸铵=3∶4(v/v)。收集各保留时间对应的抗菌物质组分,冷冻干燥后,1 mL甲醇溶解,-80 ℃保存备用。将收集的各个组分按1.2.2的方法进行抑菌活性检测,活性较好的组分进行质谱分析。

1. 2. 6 脂肽类抗生素的质谱检测分析 利用MALDI-TOF-MS对HPLC收集的有效组分进行脂肽类抗生素种类检测及鉴定分析(Koumoutsi et al.,2004)。

2 结果与分析

2. 1 脂肽类粗提物对香蕉枯萎病致病菌FOC4的抑制效果

菌株GKT04发酵上清液中脂肽类粗提物对香蕉枯萎病致病菌FOC4具有明显的抑制效果,抑菌圈直径为24 mm(图1)。

2. 2 脂肽类粗提物对香蕉枯萎病的盆栽防控效果

接种香蕉枯萎病致病菌FOC4 15 d后,对照组和处理组的部分植株开始出现叶片黄化的发病症状,接种致病菌50 d后,对照组的病情指数为72.14,处理组的病情指数为15.65,与对照组相比,处理组的香蕉枯萎病病情指数降低了78.31%。

2. 3 脂肽类抗生素合成相关基因的克隆结果

以菌株GKT04基因组DNA为模版,PCR扩增脂肽类抗生素合成相关的基因,可扩增出ituA、ituC、ituD、fenA、fenB、srfA、bmyA和bmyB基因,将上述基因序列在NCBI上进行BLAST比对,与已提交的解淀粉芽孢杆菌相关基因序列同源性均在98%以上;未扩增出ituB、sfp和bmyC基因(图2)。

2. 4 脂肽類抗生素的HPLC分离结果

菌株GKT04发酵上清液中脂肽类抗生素粗提物经HPLC分离后共得到4个组分P1、P2、P3和P4,其中组分P1和组分P2不是单一的离子峰,说明这2个组分不是单一物质,可能是结构相似的同系物或异构体(图3)。

2. 5 各组分对香蕉枯萎病致病菌FOC4的抑菌效果

分别对上述4个组分进行FOC4抑菌试验,结果(图4)发现,除组分P2无抑菌效果外,其余组分对FOC4均具有抑菌效果,其中组分P1和组分P3的抑菌效果明显,抑菌圈直径分别为18和15 mm,组分P4的抑菌效果较弱,抑菌圈直径为11 mm。

2. 6 脂肽类抗生素种类的初步分析

利用MALDI-TOF-MS对组分P1和组分P3进行质谱分析,发现组分P1峰值m/z=1473.485、1487.542、1501.594、1515.646和1529.684 Da(图5-A),分别相差约14.000 Da,这5个离子峰均对应fengycins;组分P3峰值m/z=1045.931、1067.560和1083.924 Da处出现了3个相差约14.000 Da的离子峰(图5-B),对应iturins的bacillomycin D,与张学雯等(2019)报道bacillomycin D的离子峰一致。

3 讨论

随着第一株解淀粉芽孢杆菌FZB42全基因组测序的完成(Chen et al.,2007),对其生防机理也展开了大量研究。解淀粉芽孢杆菌主要通过分泌次生代谢产物抑制病原菌的生长发育。鉴定解淀粉芽孢杆菌的抗菌物质和抑菌机理是目前的研究热点。解淀粉芽孢杆菌产生的次级代谢产物主要通过核糖体途径和非核糖体途径合成,前者包括抗菌蛋白和抗菌肽,后者包括脂肽类化合物和聚酮化合物等(刘磊等,2017)。脂肽类化合物一般是由1个β-羟基脂肪酸和7~10个氨基酸肽链通过内脂键而形成的环状结构(Ongena et al.,2005),主要包括iturins、fengycins、surfactins、bacillomycins和mycosubtilins等,其抗真菌、细菌及病毒的效果均非常明显。目前,这类抗菌活性物质的研究主要集中在芽孢杆菌领域(陈萍等,2015)。不同的解淀粉芽孢杆菌合成的脂肽类化合物不同,即使同一菌株产生的同一种脂肽类化合物也是由几种结构类似的同系物组成的复杂化合物(Peypoux et al.,1999)。

本研究通过抑菌试验及盆栽防控试验初步探明菌株GKT04的抑菌物质为脂肽类抗生素。为进一步明确该菌株产生的脂肽类抗生素的种类,首先通过PCR检测发现菌株GKT04全基因组中存在ituA、ituC、ituD、fenA、fenB、srfA、bmyA和bmyB等合成脂肽类物质的相关基因,说明菌株GKT04具有合成多种脂肽类抗生素的潜能,从分子水平上验证了相关研究结果的可靠性。通过HPLC对菌株GKT04发酵上清液中脂肽类抗生素粗提物进行分离,共得到4个组分。结合抑菌试验,组分P1和组分P3的抑菌效果明显。利用MALDI-TOF-MS对组分P1和组分P3进行深入检测分析,发现组分P1中存在fengycins,组分P3中存在bacillomycin D,与PCR扩增到fenA、fenB、bmyA和bmyB基因相符,表明菌株GKT04发酵上清液中的脂肽类物质主要为fengycins和bacillomycin D。Liu等(2011)在研究解淀粉芽孢杆菌C06对桃褐腐病菌抑菌机理过程中发现,菌株C06产生的脂肽类抗生素为fengycins和bacillomycin D。向亚萍等(2016)发现解淀粉芽孢杆菌B1619分泌的脂肽类抗生素fengycins和baciliomycin L是抑制番茄枯萎病菌生长的主要抑菌物质。由此可见,fengycins和bacillomycins在抑制真菌的生长中发挥重要作用。

Zhao等(2012)认为srfA基因是合成surfactins的关键基因,通过改变srfA的表达量,突变菌株F2-38的surfactins产量提高了3.5~10.3倍。本研究中菌株GKT04未扩增到sfp基因,扩增到srfA基因,但质谱检测中未检测到surfactins。surfactins合成基因组序列存在多样性、surfactins的合成受群集感应系统调控或因surfactins合成产量过低或合成过程受阻均可能导致质谱检测不到surfactins。

4 结论

利用HPLC对解淀粉芽孢杆菌GKT04产生的脂肽类抗生素进行分离,其中组分P1和组分P3的抑菌效果最好,MALDI-TOF-MS分析组分P1的成分为fengycins,组分P3的成分为bacillomycin D。

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(責任编辑 麻小燕)

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