白芨块茎cDNA文库构建及转录组序列分析
2020-04-21杨文丽李嘉钰向雪静李月萍蔡佳丽
攀枝花学院学报 2020年2期
王 宇,杨文丽,李嘉钰,向雪静,李月萍,蔡佳丽
(1.攀枝花学院附属医院,四川 攀枝花617000;2.攀枝花学院医学院,四川攀枝花617000)
白芨是多年生草本植物,属于兰科白芨属。主要分布在云南、四川、贵州、湖南、湖北、江西等省,多生长在海拔高度为950-3500 m的阔叶林下。白芨及其块茎是我国药典记录的传统中药材之一,最早在《神农本草经》中就有记载,其块茎中含有较丰富的苄类、萜类和多糖类化学成分,具有止血润肺、消肿生肌、抗氧化、清除自由基、预防心血管疾病、抗菌和抗肿瘤等功效,在医药食品等领域已广泛应用[1-4]。
目前,通过构建cDNA文库和高通量转录组测序,已对多种药用植物进行分子生物学研究,挖掘出了一些重要功能基因,对于揭示不同生物学性状的分子机制具有重要意义[5]。
本研究采用高通量测序技术对白芨块茎进行转录组分析,得到白芨的重要功能基因,对其进行功能注释、分类和代谢通路分析,这为下一步研究白芨的药用成分、次生代谢等机制奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1实验材料
植株由攀枝花市丰盛源农林开发有限公司提供。
1.1.2主要仪器与试剂
凝胶成像系统和电泳仪购于美国伯乐公司、超微量核酸分析仪购于杭州奥盛仪器有限公司、RNA提取试剂盒购于天根生化科技有限公司。
1.2 方法
1.2.1RNA提取
按照RNA提取试剂盒说明提取总RNA,使用凝胶电泳和超微量核酸分析仪对其质量和浓度进行分析。
1.2.2cDNA文库的构建
首先用磁珠富集poly(A)mRNA,然后以mRNA为模板,经逆转录反应合成第一链cDNA和第二链cDNA,对双链cDNA进行纯化后再进行末端修复、加尾和加接头,片段分选以及PCR扩增,最后构建成cDNA文库,对文库质检后进行测序。……
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