结肠癌中核内miRNA的激活调控作用研究
2019-07-05邹小龙董雪松孙学溥
生物信息学 2019年2期
邹小龙,董雪松,孙学溥
(哈尔滨医科大学 附属第一医院普外科,哈尔滨 150001)
2018年全球癌症报告结果显示,结肠癌的发病率仍高居前五位。近几年来我国患上结肠癌的人数每年都在增加,结肠癌是我国常见的消化道肿瘤之一,具有发病率高、早期治愈率高的特点。尽管在众多研究人员与临床医生的共同努力下结肠癌的诊治技术及疗效已经有很大的提高,但是结肠癌的患者仍逐年增加[1]。目前,众多研究主要是针对结肠癌发病机制的众多研究仍不够深入,对疾病本身的发生、发展机制尚不够深入,因而没有一个高效的诊疗测序对结肠癌的发生进行有效的预防和预警。
迄今为止的miRNA和基因表达之间的关系研究主要集中在miRNA的3’非编码区域的负向调控基因的翻译过程。但随着miRNA作用机制研究的深入,有研究发现miRNA在细胞核内也存在通过增强子介导而激活基因表达的调控机制[2]。那么利用miRNA细胞核内调控机制,我们利用生物信息的多种分析方法对结肠癌的miRNA和基因进行补充性分析,从而为结肠癌发病的研究提供新的视角。
通过整合多个数据库的miRNA、基因表达谱数据,结肠特异的增强子数据,通知利用miRNA增强子预测算法对上述数据进行系统的整合分析,并肩miRNA-增强子-靶基因调控网络,并对网络进行拓扑学分析,最后通过分析网络中差异表达基因的功能,发现了多个与结肠癌发生密切相关的生物学功能。
1 材料与方法
1.1 miRNA表达数据
从HMDD V3.0数据库[3](http://www.cuilab.cn/hmdd)筛选得到了被多篇文献证实结肠癌中差异表达的miRNA信息。……
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